针对邻居侵占宅基地纠纷，应由以下部门处理，并依据相关法律条款进行解决：
协商与基层调解阶段
- 村委会或村集体经济组织/人民调解委员会：作为基层群众性自治组织，它们对本村的宅基地情况较为熟悉，且具备较高的权威性和调解能力。在宅基地纠纷相对较小、争议不大的情况下，如边界划分不清等，双方当事人可以首先尝试通过村委会或人民调解委员会进行调解，促使双方达成和解协议。这一过程主要依据的是村规民约和相关政策，虽然不直接引用具体法律条文，但调解结果往往能得到双方的认可和执行。
- 乡镇人民政府：乡镇人民政府负责行政区域内的土地管理等工作，对宅基地纠纷有调解处理的职责。其调解具有一定的权威性，作出的调解意见对双方当事人有一定的约束力。在涉及宅基地审批、使用等方面与行政管理相关的纠纷中，如一方认为另一方宅基地审批程序不合法等，乡镇人民政府的介入尤为必要。
行政裁决、复议阶段
- 县级以上人民政府土地行政主管部门：根据《土地管理法》等相关法律法规，县级以上人民政府土地行政主管部门负责本行政区域内土地的统一管理和监督工作，对宅基地的规划、利用和管理有具体职责。在宅基地纠纷涉及土地权属、规划、用途等方面的问题时，如土地性质认定不一致等，当事人可以向县级以上人民政府土地行政主管部门申请行政裁决。该部门将依据土地管理方面的法律法规，对纠纷进行调查、认定，并作出具有专业性和权威性的行政裁决。
- 县级以上人民政府：若当事人对土地行政主管部门的处理决定不服，根据《土地管理法》的相关规定，可以向县级以上人民政府申请行政复议。县级以上人民政府将对纠纷进行复查，并作出决定，其裁决具有最终性。
司法诉讼阶段
- 人民法院：当宅基地纠纷经过其他途径处理后仍无法解决，或当事人认为自己的合法权益受到侵害时，可以向人民法院提起民事诉讼或行政诉讼。法院将依据事实和法律，对纠纷进行公正的审理和判决，其判决具有终局性和强制执行力。在诉讼过程中，原告需承担举证责任，证明自己对宅基地享有合法权益以及被告存在侵占宅基地的事实。
具体法律条款参考：
- 《土地管理法》第十四条：土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决；协商不成的，由人民政府处理。单位之间的争议，由县级以上人民政府处理；个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理。当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可以自接到处理决定通知之日起三十日内，向人民法院起诉。在土地所有权和使用权争议解决前，任何一方不得改变土地利用现状。
建议与提醒：
- 在处理宅基地纠纷时，当事人应首先尝试通过协商和调解的方式解决问题，这通常是最直接且成本较低的方式。
- 若协商调解无果，可依次考虑向土地管理部门、乡镇政府申请调解或裁决，直至向人民法院提起民事诉讼。
- 在整个过程中，当事人应保留好相关证据材料，如土地使用证、宅基地使用权证明等，以便在调解、裁决或诉讼过程中提供证明。
- 如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供针对性的法律建议。