结论：若法院最终判决不构成醉驾，能否申请赔偿需视具体情况而定，主要取决于是否存在因错误认定醉驾而导致的实际损失以及该损失与错误认定之间的因果关系。以下从不同角度进行分析：
一、若因错误认定醉驾导致实际损失
行政处罚错误：
- 如果原本被错误地认定为醉驾并受到了相应的行政处罚（如吊销驾驶证、罚款等），而法院最终判决不构成醉驾，那么你有权要求撤销或变更这些错误的行政处罚，并可能因此获得相应的赔偿，如退还罚款、恢复驾驶证等。
- 法律依据：根据《中华人民共和国行政处罚法》的相关规定，行政机关作出行政处罚决定必须事实清楚、证据确凿。若因事实认定错误导致行政处罚错误，行政机关应当依法予以撤销或变更，并可能承担相应的赔偿责任。
刑事责任错误：
- 如果原本被错误地追究了醉驾的刑事责任（如被刑事拘留、逮捕、起诉等），而法院最终判决不构成醉驾，那么你有权要求国家赔偿，包括因错误羁押而导致的经济损失和精神损害等。
- 法律依据：根据《中华人民共和国国家赔偿法》的相关规定，国家机关和国家机关工作人员行使职权，有本法规定的侵犯公民、法人和其他组织合法权益的情形，造成损害的，受害人有依照本法取得国家赔偿的权利。
二、若未因错误认定醉驾导致实际损失
- 如果虽然原本被错误地认定为醉驾，但并未因此受到实际的行政处罚或刑事责任追究，或者虽然受到了处罚但并未因此产生实际的经济损失（如罚款已缴纳但未造成其他经济损失），那么可能难以直接申请赔偿。
- 例外情况：如果因错误认定醉驾而导致了其他间接损失（如名誉损失、工作机会丧失等），这些损失可能难以直接量化并获得赔偿，除非能够证明这些损失与错误认定之间存在直接的因果关系，并且符合相关法律规定的赔偿条件。
三、申请赔偿的程序和注意事项
行政赔偿程序：
- 如果认为行政机关的行政处罚错误并造成了损失，可以先向行政机关提出赔偿请求，行政机关应当在规定期限内作出赔偿或者不予赔偿的决定。
- 如果对行政机关的决定不服，可以向人民法院提起行政赔偿诉讼。
刑事赔偿程序：
- 如果认为司法机关在刑事诉讼过程中错误追究了刑事责任并造成了损失，可以向作出错误决定的机关提出赔偿请求。
- 如果对赔偿请求的决定不服，可以向其上一级机关申请复议，或者向人民法院赔偿委员会申请作出赔偿决定。
注意事项：
- 在申请赔偿时，需要提供充分的证据证明错误认定醉驾与实际损失之间的因果关系。
- 赔偿请求应当符合相关法律规定的赔偿范围和标准。
建议：如果你认为因错误认定醉驾而遭受了损失，并希望申请赔偿，建议先收集相关证据（如行政处罚决定书、刑事判决书、损失证明等），然后咨询专业律师以了解具体的赔偿程序和注意事项。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。