结论前置：对方车主不同意责任认定并申请复议，一般情况下不会影响保险公司当前的理赔流程，但最终赔偿结果可能因复议结果改变而调整，您需要积极配合后续程序。以下是详细分析：

1. 责任认定书的效力与复议程序
   根据《道路交通事故处理程序规定》，当事人对交通事故责任认定书有异议的，可在收到认定书之日起3日内向上一级公安机关交通管理部门申请复核。复核期间原认定书暂不生效，但复核结果仅影响责任划分比例，不直接冻结保险理赔程序。若复核维持原认定，保险公司需按原比例赔偿；若复核改变责任比例，赔偿金额将相应调整。

2. 保险公司当前理赔流程的独立性
   保险公司通常会在责任认定书出具后启动理赔程序，尤其是对方全责的情况下，您的保险公司可能已与对方保险公司协商定损。但需注意：

• 若对方车主未及时通知其保险公司，或其保险公司以“责任未最终确定”为由拖延，您可要求己方保险公司启动代位追偿程序，先行赔付后由己方保险公司向对方追偿；
  
• 若对方复议成功导致责任比例变化（如从全责变为主责），保险公司可能要求您退还部分已赔款项，或通过诉讼重新划分赔偿比例。

1. 您需要采取的行动
   

• 保留证据：保存事故现场照片、责任认定书、医疗记录、维修发票等所有材料；
  
• 配合复议程序：若公安机关要求您补充陈述或提供证据，需及时配合；
  
• 关注复议进展：通过交警部门或对方车主了解复议结果，若复议改变责任，需与保险公司重新协商赔偿方案；
  
• 协商或诉讼准备：若对方复议后仍拒赔，您可要求己方保险公司代位追偿，或直接向法院起诉对方车主及其保险公司。

温馨提示：复议是法律赋予当事人的权利，但最终责任划分仍需以证据为依据。若对方复议理由不充分（如无新证据或程序违法），复核机关维持原认定的概率较高。您无需过度焦虑，但需保持与保险公司和交警部门的沟通，确保权益不受损。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作细节。