结论概述：国有企业普通员工持有国有注资子公司股份是否违规违纪，需结合具体情况判断，包括员工身份、持股方式、持股比例及是否违反公司章程或相关法律法规等。以下从不同角度进行详细分析。

一、员工身份与持股合规性

1. 普通员工身份：

   • 国有企业普通员工，若非公司董事、监事、高级管理人员（简称“董监高”），其持股行为通常不受《公司法》中关于董监高持股及转让的严格限制。
   • 但需注意，若员工同时担任子公司董监高职务，则需遵守《公司法》及子公司章程中关于董监高持股及转让的相关规定。

2. 持股方式：

   • 员工通过合法途径（如股权激励、员工持股计划、二级市场购买等）持有子公司股份，通常不视为违规违纪。
   • 若员工通过不正当手段（如内部交易、利益输送、利用职务便利获取未公开信息等）获取股份，则可能构成违规违纪，甚至涉嫌违法。

二、持股比例与合规性

1. 持股比例限制：

   • 国有企业员工持股比例通常受到一定限制，具体限制比例需依据公司章程、国资监管规定及地方政策确定。
   • 若员工持股比例超过规定限制，可能需进行股份转让或调整，以符合合规要求。

2. 国资监管规定：

   • 国有企业及其子公司需遵守国资监管规定，包括但不限于股份转让、增资扩股、股权变更等需履行审批或备案程序。
   • 员工持股行为若涉及国资监管事项，需确保符合相关规定，否则可能构成违规。

三、公司章程与内部规定

1. 公司章程规定：

   • 子公司章程可能对员工持股有具体规定，包括持股条件、持股比例、转让限制等。
   • 员工持股行为需符合子公司章程规定，否则可能构成违约或违规。

2. 内部规定与政策：

   • 国有企业及其子公司可能制定有内部规定或政策，对员工持股进行进一步规范。
   • 员工需了解并遵守这些内部规定，以确保持股行为的合规性。

四、法律后果与风险提示

1. 违规后果：

   • 若员工持股行为违反公司章程、国资监管规定或相关法律法规，可能面临股份被强制转让、罚款、纪律处分等后果。
   • 严重情况下，可能涉嫌违法犯罪，需承担刑事责任。

2. 风险提示：

   • 员工在持股前应充分了解相关法律法规、公司章程及内部规定，确保持股行为的合规性。
   • 如对持股合规性存在疑问，建议咨询专业法律人士或公司法务部门，以降低法律风险。

总结与建议：国有企业普通员工持有国有注资子公司股份是否违规违纪，需结合员工身份、持股方式、持股比例、公司章程及国资监管规定等多方面因素综合判断。为确保持股行为的合规性，建议员工在持股前充分了解相关法律法规及公司内部规定，并在必要时咨询专业法律人士。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。