药品批发企业将药品销售给宠物医院是否合法，需分情况讨论：
若药品为人用药品，且未取得兽药经营许可：
- 不合法。根据《中华人民共和国药品管理法》及相关规定，人用药品与兽用药品在生产、经营、使用等方面有严格区分。药品批发企业若将人用药品销售给宠物医院，且该宠物医院未取得兽药经营许可，则此行为违反了药品管理法规，可能面临行政处罚，如罚款、没收违法所得等。同时，若因此造成宠物健康损害或死亡，还可能引发民事赔偿责任。
若药品为兽用药品，且药品批发企业具备兽药经营许可：
- 合法。若药品批发企业已取得兽药经营许可，且所销售的药品为兽用药品，那么其将药品销售给宠物医院的行为是合法的。在此情况下，药品批发企业需确保所销售的兽用药品符合质量标准，且销售行为符合兽药管理法规的相关规定。
特殊情况：药品批发企业与宠物医院之间的合作或特殊授权：
- 需具体分析。在某些特殊情况下，药品批发企业可能与宠物医院存在合作或特殊授权关系，允许其向宠物医院销售特定药品。然而，这种合作或授权必须严格遵守相关法律法规，且不得违反药品管理的基本原则。若存在此类情况，需详细审查合作协议或授权文件，以确定其合法性。
法律建议：
- 对于药品批发企业而言，在销售药品前应明确药品的性质（人用药品或兽用药品），并确认自身是否具备相应的经营许可。同时，应严格遵守药品管理法规，确保销售行为的合法性。
- 对于宠物医院而言，在采购药品时应选择具备合法经营许可的供应商，并确保所采购的药品符合质量标准。若因采购不合格药品导致宠物健康损害或死亡，宠物医院可能需承担相应的民事赔偿责任。
可能后果：
- 若药品批发企业非法销售药品给宠物医院，可能面临行政处罚，如罚款、没收违法所得、吊销许可证等。同时，若因此造成宠物健康损害或死亡，还可能引发民事赔偿责任，甚至刑事责任（如构成销售劣药罪等）。
总结：药品批发企业将药品销售给宠物医院是否合法，取决于药品的性质、药品批发企业的经营许可以及销售行为是否符合相关法律法规。在涉及此类问题时，建议相关企业或个人咨询专业律师，以确保自身行为的合法性并降低法律风险。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。