运管认定非法营运后，当事人是可以进行申诉的。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：
一、申诉的法律依据
根据《中华人民共和国行政处罚法》的相关规定，当事人对行政机关作出的行政处罚决定不服的，有权依法申请行政复议或者提起行政诉讼。运管部门对非法营运的认定和处罚，属于行政处罚的范畴，因此当事人有权对此提出申诉。
二、申诉的途径
行政复议：当事人可以在收到运管部门作出的行政处罚决定书之日起六十日内，向作出处罚决定的运管部门的上一级主管部门或者本级人民政府申请行政复议。行政复议机关将对原处罚决定的合法性、适当性进行审查，并作出复议决定。
行政诉讼：如果当事人对行政复议决定不服，或者未在规定期限内申请行政复议，也可以在收到处罚决定书之日起六个月内，直接向人民法院提起行政诉讼。法院将对运管部门的处罚决定进行司法审查，并作出判决。
三、申诉的理由和证据
当事人在提出申诉时，应当提供充分的理由和证据来支持自己的主张。例如，可以提出以下申诉理由：
事实认定错误：运管部门在认定非法营运时，可能存在事实认定不清、证据不足或者错误认定的情况。当事人可以提供相关证据来证明自己的营运行为是合法的，或者运管部门的认定存在错误。
法律适用错误：运管部门在处罚时，可能适用了错误的法律条款或者对法律条款的理解存在偏差。当事人可以指出运管部门法律适用的错误，并提供正确的法律依据。
程序违法：运管部门在处罚过程中，可能存在程序违法的情况，如未告知当事人权利、未听取当事人陈述申辩等。当事人可以指出运管部门的程序违法行为，并要求撤销处罚决定。
四、申诉的注意事项
及时申诉：当事人应当在规定的期限内提出申诉，否则可能会丧失申诉的权利。
准备充分：当事人在提出申诉前，应当充分准备相关证据和理由，以便在申诉过程中能够有力地支持自己的主张。
寻求专业帮助：如果当事人对法律程序不熟悉或者对申诉理由和证据的准备感到困难，可以寻求专业律师的帮助，以提高申诉的成功率。
五、申诉的可能结果
维持原处罚决定：如果运管部门的处罚决定合法、适当，且程序合法，那么行政复议机关或法院可能会维持原处罚决定。
撤销或变更处罚决定：如果运管部门的处罚决定存在事实认定错误、法律适用错误或者程序违法的情况，那么行政复议机关或法院可能会撤销或变更处罚决定。
总结来说，运管认定非法营运后，当事人是有权进行申诉的。在申诉过程中，当事人应当提供充分的理由和证据来支持自己的主张，并遵循法律程序进行申诉。如果遇到困难或疑问，可以直接向我咨询，我会根据具体情况为你提供专业的法律建议。