在开庭时提交了超过举证期限的新证据，这一情况的处理需依据具体法律条款和诉讼阶段来综合判断。以下是对此问题的详细解答：
一、证据提交与采纳的基本原则
根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释，对于举证期限过后提交的证据，法院首先会判断其是否属于“新的证据”。这里的“新的证据”主要指一审举证期限届满后新发现的证据，或者因客观原因（如不可抗力、意外情况等）无法在举证期限内提供，并经法院准许在延长期限内仍未能提供的证据。
二、不同情况下的处理方式
属于“新的证据”：
- 若新证据符合“新的证据”的定义，法院应当组织质证，对该证据进行审查判断。
- 但若当事人因故意或重大过失逾期提供“新的证据”，法院将依法对其予以训诫、罚款等处罚。
不属于“新的证据”但当事人说明正当理由：
- 如果当事人在举证期限届满后提交证据，并能向法院说明正当理由（如新发现证据、不可抗力等），且经法院审查理由成立，法院应当采纳该证据，并组织双方当事人进行质证。
不属于“新的证据”且当事人未说明理由或理由不成立：
- 对于一般证据，法院通常不予采纳。
- 但若该证据与案件基本事实有关，即对于认定争议的法律关系的产生、变更、消灭等基本事实有重要作用，法院应当采纳该证据，并对当事人予以训诫、罚款。
- 若对方当事人同意质证，法院也可组织质证。
特殊诉讼阶段（二审或再审）：
- 二审：若案件已进入二审程序，且新证据是在一审庭审结束后新发现的，或者当事人在一审举证期限届满前申请人民法院调查取证未获准许，二审法院经审查认为应当准许并依当事人申请调取的证据，可视为新证据并予以采纳。
- 再审：若案件已经终审，但当事人发现新的证据足以推翻原判决、裁定的，可以申请再审。此时，新证据将作为再审申请的重要依据。
三、实际操作建议
- 及时提交：一旦发现新证据，应尽快向法院提交，以免错过最佳时机。
- 确保证据质量：新证据必须真实、合法且与案件具有关联性，否则可能不被法院采纳。
- 遵守程序规定：提交新证据时，应严格遵守法院的程序规定，如提交方式、时间限制等。
- 积极沟通：若因特殊情况需逾期提交证据，应及时与法院沟通并说明理由，争取法院的许可和理解。
四、法律依据
- 《中华人民共和国民事诉讼法》第六十八条、第二百零七条
- 《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第五十一条、第五十四条
综上所述，对于开庭时提交的超过举证期限的新证据，法院会根据其是否属于“新的证据”、当事人是否说明正当理由以及案件的具体情况来综合判断是否采纳。因此，当事人在诉讼过程中应严格遵守举证期限的规定，并在必要时及时与法院沟通，以确保自身权益得到有效维护。