在专利侵权纠纷中，以下情形不可以作为专利不侵权的抗辩理由：

1. 主观上明知侵权仍继续实施

   • 解释：若被控侵权人明知其行为构成专利侵权，仍故意实施该行为，这并不能作为不侵权的抗辩理由。专利侵权是客观行为，主观明知与否不影响侵权行为的成立，但可能影响赔偿责任的承担（如是否构成恶意侵权，从而加重赔偿责任）。
   • 举例：甲公司明知乙公司拥有某项专利，仍未经许可生产、销售与专利产品相同的产品，甲公司不能以“不知情”或“主观上认为不侵权”为由进行抗辩。

2. 仅以专利权存在瑕疵为由抗辩（未提出无效宣告请求或未被宣告无效）

   • 解释：虽然专利权可能存在瑕疵（如缺乏新颖性、创造性等），但在未向专利复审委员会提出无效宣告请求，或专利复审委员会未宣告该专利无效之前，该专利权仍被视为有效。因此，被控侵权人不能仅以专利权存在瑕疵为由进行抗辩。
   • 举例：甲公司认为乙公司的专利缺乏新颖性，但未向专利复审委员会提出无效宣告请求，直接在侵权诉讼中以此为由抗辩，该抗辩理由不成立。

3. 以非专利权人实施侵权行为为由抗辩（自身仍实施侵权行为）

   • 解释：若被控侵权人自身实施了专利侵权行为，不能以“还有其他非专利权人也在实施侵权行为”为由进行抗辩。每个侵权人都应独立承担侵权责任，不能因他人侵权而免除自己的责任。
   • 举例：甲公司未经许可生产、销售专利产品，同时发现乙公司也在实施相同侵权行为，甲公司不能以“乙公司也在侵权”为由进行抗辩，仍需承担自己的侵权责任。

4. 以专利权保护范围不明确为由抗辩（未通过法律程序确定保护范围）

   • 解释：专利权的保护范围由权利要求书确定，并辅以说明书和附图进行解释。若被控侵权人认为专利权保护范围不明确，应通过法律程序（如专利无效宣告请求、专利侵权诉讼中的解释请求等）来确定保护范围，而不能直接以此为由进行抗辩。
   • 举例：甲公司认为乙公司的专利权利要求书表述模糊，保护范围不明确，但在未通过法律程序确定保护范围之前，直接以此为由抗辩不侵权，该抗辩理由不成立。

5. 以合同或协议中的非侵权条款为由抗辩（未获得专利权人明确许可）

   • 解释：若被控侵权人与第三方签订的合同或协议中包含非侵权条款（如“使用该技术不构成侵权”），但该条款并未获得专利权人的明确许可或认可，则该条款不能作为不侵权的抗辩理由。专利侵权是相对于专利权人而言的，第三方之间的合同或协议不能对抗专利权人的权利。
   • 举例：甲公司与乙公司签订合同，约定甲公司使用乙公司的技术不构成侵权，但该技术实际上属于丙公司的专利。丙公司起诉甲公司侵权时，甲公司不能以与乙公司的合同中的非侵权条款为由进行抗辩。

法律建议：

• 在面对专利侵权指控时，被控侵权人应首先仔细分析涉案专利的权利要求书、说明书和附图，确定自己的行为是否确实落入专利权保护范围。
• 若认为涉案专利存在瑕疵或保护范围不明确，应及时向专利复审委员会提出无效宣告请求或通过法律程序确定保护范围。
• 避免主观上明知侵权仍继续实施的行为，以免加重赔偿责任。
• 不要试图以第三方行为或合同条款为由进行抗辩，而应独立承担自己的侵权责任（如确实构成侵权）。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。