核心结论：合同和发票不一致时，补充协议需明确不一致的内容、原因、处理方式及双方权利义务，以下是一份补充协议的示例框架及撰写要点。

补充协议示例框架：

甲方（原合同甲方）： 乙方（原合同乙方）：

鉴于甲乙双方于[原合同签订日期]签订了《[原合同名称]》（以下简称“原合同”），合同编号为[原合同编号]，现因[具体不一致原因，如发票开具错误、合同条款调整等]，导致原合同中的[具体条款或内容，如金额、数量、规格等]与乙方开具的发票内容存在不一致，为明确双方权利义务，经友好协商，达成如下补充协议：

1. 不一致内容确认：

   • 原合同中[具体条款或内容]为：[原合同内容描述]。
   • 乙方开具的发票中[对应条款或内容]为：[发票内容描述]。

2. 不一致原因说明：

   • 双方确认，上述不一致系由于[具体原因，如操作失误、信息传递错误、合同变更未及时更新发票等]导致。

3. 处理方式及调整：

   • 双方同意，以[选择处理方式，如以原合同为准、以发票为准、双方协商确定的新内容为准等]作为双方实际履行及结算的依据。
   • 若需乙方重新开具发票，乙方应在[具体时间]内完成重新开具，并承担因此产生的税费（如有）。
   • 若因不一致导致甲方需承担额外费用或损失，乙方应承担相应的赔偿责任。

4. 双方权利义务：

   • 甲方应按照本补充协议约定的内容履行付款义务。
   • 乙方应确保后续开具的发票与本补充协议及原合同（如需）内容一致，并承担因发票问题导致的法律责任。

5. 其他条款：

   • 本补充协议自双方签字（或盖章）之日起生效，与原合同具有同等法律效力。
   • 本补充协议一式两份，甲乙双方各执一份，具有同等法律效力。

撰写要点：

1. 明确不一致内容：在补充协议中详细列出原合同与发票中不一致的具体条款或内容，确保双方对不一致之处有清晰的认识。

2. 说明不一致原因：简要说明不一致产生的原因，有助于双方理解并达成共识，避免后续纠纷。

3. 确定处理方式：根据实际情况，双方应协商确定以何种方式处理不一致，如以原合同为准、以发票为准或双方协商确定的新内容为准等。

4. 明确双方权利义务：在补充协议中明确双方因不一致而产生的权利义务，如付款义务、重新开具发票义务、赔偿责任等。

5. 保持协议完整性：补充协议应包含生效条件、份数等常规条款，确保协议的完整性和法律效力。

在撰写补充协议时，请务必根据实际情况进行调整和完善，以确保协议内容符合双方的真实意愿和法律规定。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。