申请特殊工时的执行时间并非严格按整年计算，具体执行周期需根据审批结果及地方规定确定。以下从不同角度详细说明：

1. 审批周期的灵活性
   根据《劳动部关于企业实行不定时工作制和综合计算工时工作制的审批办法》第七条，特殊工时制的审批周期由省级劳动行政部门规定，通常为1-3年。例如：

   • 若企业申请获批的周期为2年，则执行时间按2年计算，无需每年重新申请；
     
   • 若地方规定审批周期为1年，则需每年续批，但执行时间仍以单次审批周期为准，而非自然年。

2. 地方性规定的差异
   部分地区可能对执行时间有细化要求：

   • 北京、上海：审批有效期通常为1-2年，到期后需重新申请；
     
   • 广东：部分行业（如物流、餐饮）可能允许更长的审批周期（如3年），但需满足特定条件（如员工协商一致、公示程序等）。
     建议：企业需以当地劳动行政部门的具体规定为准，避免因周期误解导致合规风险。

3. 执行中的调整与终止

   • 调整需求：若企业因经营需要变更工时制度（如从综合计算工时转为不定时工作制），需重新申请审批；
     
   • 终止情形：若企业未续批或审批被撤销，需立即恢复标准工时制，否则可能面临劳动监察处罚。

温馨提示：特殊工时制的执行需严格遵循审批范围（如岗位、周期、计算方式等），企业应留存审批文件、考勤记录及员工协商证据，以备劳动部门检查。如有具体操作疑问，可直接向我咨询，我会结合您所在地区的规定进一步分析。