用工程签证代替索赔是否合法，不能一概而论，需要分情况讨论：
一、合法的情况
双方协商一致：
- 根据《中华人民共和国民法典》第五百四十三条，当事人协商一致，可以变更合同。在建设工程中，如果发承包双方就工程签证的内容和范围达成一致，且该签证内容实际上涵盖了原本应通过索赔来处理的事项，那么这种用签证代替索赔的方式在法律上是允许的。例如，因设计变更导致工程量增加，双方通过签证明确增加的工程量及费用，这既是对原合同的变更，也是双方协商一致的结果。
签证内容符合合同和法律规定：
- 工程签证作为对原合同的补充和确认，其内容必须符合法律法规和合同约定。如果签证内容合法合规，且双方均认可该签证作为对特定事项的最终处理方式，那么用签证代替索赔就是合法的。比如，因业主供应材料延迟导致工人窝工，双方通过签证明确了窝工的天数、人数及相应费用，这既符合合同约定，也符合法律规定。
二、不合法的情况
签证内容违法或违规：
- 如果签证内容存在违法违规的情况，如虚构工程量、虚报费用等，那么这种签证不仅不能代替索赔，还可能构成违法行为。例如，施工单位为了获取更多利益，故意虚增工程量并通过签证确认，这种行为就违反了法律法规和合同约定。
未经协商一致擅自用签证代替索赔：
- 如果一方未经另一方同意，擅自用签证代替索赔，这种行为在法律上是不被认可的。索赔是基于合同约定和法律规定向对方主张权利的行为，而签证则是对已发生事实的确认。如果一方未经协商一致就擅自用签证代替索赔，可能会损害另一方的合法权益。例如，施工单位在未与建设单位协商一致的情况下，擅自通过签证确认了额外的费用支出，并要求建设单位支付，这种行为就可能引发纠纷。
三、实际操作建议
明确签证和索赔的适用范围和程序：
- 在签订建设工程施工合同时，双方应明确签证和索赔的适用范围、程序及要求。这有助于在施工过程中准确区分哪些事项应通过签证处理，哪些事项应通过索赔处理。
加强沟通和协商：
- 在施工过程中，发承包双方应加强沟通和协商，及时就涉及合同价款之外的责任事件达成一致意见。这有助于避免因理解不一致或沟通不畅而引发的纠纷。
注重证据收集和保存：
- 无论是签证还是索赔，都需要有充分的证据支持。因此，在施工过程中，双方应注重收集和保存与签证和索赔相关的证据材料，如施工记录、检验报告、会议纪要等。
举例说明：
假设在一个建筑工程项目中，由于建设单位提供的施工图纸存在错误，导致施工单位在施工过程中多次返工，造成了工期延误和额外的费用支出。在这种情况下，施工单位可以选择通过签证来确认增加的工程量及费用（如果双方协商一致且签证内容合法合规），也可以选择通过索赔来向建设单位主张工期延误和额外费用支出的补偿。如果双方协商一致用签证代替索赔，并明确了签证的内容和范围，那么这种做法就是合法的。但如果施工单位未经建设单位同意就擅自通过签证确认了额外的费用支出，并要求建设单位支付，这种行为就可能引发纠纷。
总结来说，用工程签证代替索赔是否合法取决于双方是否协商一致以及签证内容是否符合合同和法律规定。在实际操作中，双方应明确签证和索赔的适用范围和程序，加强沟通和协商，并注重证据收集和保存。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。