核心结论：货车发生交通事故后检测车辆不合格，保险公司是否赔偿需分情况讨论，主要取决于事故与车辆不合格的因果关系以及保险合同的具体约定。

1. 若车辆不合格是事故发生的原因：

   • 保险责任免除：根据《机动车交通事故责任强制保险条例》及多数商业保险条款，若车辆因存在安全隐患（如制动失灵、转向故障等不合格项目）导致事故发生，保险公司通常会在交强险范围内先行赔付第三方损失，但有权在赔偿后向致害人追偿；对于商业险部分，保险公司可能以“被保险机动车未按规定检验或检验不合格”为由拒绝赔偿。
   • 例外情形：若车辆虽未按时年检但实际性能合格，或不合格项目与事故无直接因果关系（如事故因驾驶员违规操作导致，车辆不合格项目为灯光亮度不足），保险公司仍需承担赔偿责任。

2. 若车辆不合格与事故无因果关系：

   • 保险公司需赔偿：例如事故因第三方违规变道引发，车辆不合格项目为轮胎磨损超标（未影响制动性能），此时保险公司不得以车辆不合格为由拒赔，需按合同约定赔偿车辆损失及第三方损失。

3. 保险合同特别约定：

   • 需审查条款：部分商业险合同可能约定“车辆未通过年检即免责”，此类条款若已向投保人明确提示（如加粗、签字确认），可能被认定为有效；但若保险公司未尽到提示义务，或条款存在“免除己方责任、加重对方责任”的情形，可能被法院认定为无效。

建议行动：

1. 立即固定证据：保存事故认定书、车辆检测报告、保险合同等材料，明确事故原因与车辆不合格项目的关联性。
2. 协商或诉讼：若保险公司拒赔，可先协商要求其出具书面拒赔通知，再根据拒赔理由选择复议或诉讼；若协商无果，可委托律师向法院起诉，主张保险公司履行赔偿义务。
3. 审查保险合同：重点查看“责任免除”条款是否包含“车辆不合格”情形，以及保险公司是否对条款尽到提示说明义务。

如有进一步疑问，可直接向我咨询，我会结合具体案情为您详细分析。