在代持协议收回过程中，若代持人不承认代持关系，您可以通过协商、法律途径及其他辅助手段来收回股权，关键在于收集充分的证据，并依法行事，以确保自身权益。以下是从不同角度为您详细分析的解决方案：
一、初步审查与协商解决
审查代持协议：
- 首先，您需要检查是否存在书面的代持协议，并仔细审阅其内容，特别是关于股权收回、解除条件或回购条款的约定。如果协议中存在有利条款且条件已满足，您可以直接依据协议要求对方归还股权。
友好协商：
- 尝试与代持人进行开放、诚实的沟通，了解其不承认代持的具体原因。在协商过程中，您可以提出合理的解决方案，如按照协议约定收回股权或给予一定的补偿等。同时，注意记录和保存所有交流细节，作为后续可能的法律程序中的证据。
第三方调解：
- 若直接协商无果，您可以考虑寻求第三方机构或信任中间人的帮助进行调解。调解可以更灵活地解决问题，避免直接的法律冲突。
二、法律途径与证据收集
全面收集证据：
- 代持协议：确保协议的真实性、完整性和有效性，检查签字、盖章及条款的明确性。
- 出资证明：包括银行转账记录、收款收据等，证明您实际出资的情况。
- 经营管理证据：如股东会决议、董事会决议上的签字记录，证明您参与公司决策的事实。
- 证人证言：获取其他知情人士的证词，如公司其他股东、员工等，以增强证据链的可信度。
确定管辖法院：
- 根据《民事诉讼法》及相关规定，确认公司住所地的管辖法院，为后续诉讼做好准备。
提起诉讼：
- 确认股东资格之诉：向法院提起确认股东资格的诉讼，提交充分证据支持自己的主张。法院将根据证据和法律规定，判断您是否具备股东资格。
- 违约赔偿之诉（如适用）：若代持协议中有违约责任约定，且代持人确实存在违约行为，您可以同时提起违约赔偿诉讼，要求代持人承担相应责任。
三、其他辅助手段
向公司其他股东披露：
- 向公司其他股东如实说明代持关系和纠纷情况，争取他们的理解和支持。其他股东的支持可能促使代持人承认代持关系，或者在公司决策中对您更有利。
向公司登记机关反映：
- 虽然公司登记机关主要负责形式审查，但向其反映代持纠纷可以对代持人产生一定威慑作用。同时，您也可以咨询登记机关关于股权变更登记的具体流程和要求。
四、后续处理与风险防范
执行法院判决：
- 若法院判决支持您收回股权，您需严格按照判决执行，完成股权变更登记手续。这包括与代持人签订股权转让协议、办理工商变更登记等。
股权变更登记：
- 成功收回股权后，您应及时到工商行政管理部门办理股权变更登记，确保股东身份得到公示和认可。这是保护您股东权益的重要步骤。
风险防范措施：
- 在签订代持协议时，您应明确双方权利义务、违约责任及争议解决机制，降低未来纠纷风险。例如，可以约定在代持人不承认代持关系时，您有权通过法律途径收回股权，并要求代持人承担违约责任。
- 在整个过程中，您应确保所有行为合法合规，避免不必要的法律风险。例如，在收集证据时，应确保证据的合法性和真实性；在提起诉讼时，应遵守诉讼程序和法律规定。
综上所述，面对代持人不承认代持关系的情况，您应综合运用协商、法律及其他辅助手段来收回股权。同时，加强风险防范意识，从源头上减少潜在纠纷的发生。如果您在此过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。