代持协议一方不承认并不直接导致协议无效，协议的效力取决于其是否符合法律法规的规定。以下从多个角度详细分析：
协议内容合法性：
- 代持股协议若内容合法，即不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，且不存在恶意串通损害国家、集体或第三人利益等情形，那么该协议是有效的。即使一方事后不承认，也不能改变协议本身的法律效力。
- 法律依据：《中华人民共和国民法典》第一百五十三条明确规定，违反法律、行政法规的强制性规定的民事法律行为无效，但该强制性规定不导致该民事法律行为无效的除外。同时，违背公序良俗的民事法律行为也无效。
协议签订过程：
- 如果代持股协议是在双方自愿、平等、公平的基础上签订的，且意思表示真实，那么该协议是有效的。一方事后不承认，可能涉及违约或欺诈等问题，但并不直接导致协议无效。
- 若协议是在被强迫或欺骗的情况下签订的，由于当事人的意思表示不真实，该协议可能被认定为无效。但这需要证据支持，如录音、录像、证人证言等。
协议主体资格：
- 代持股协议的双方必须具备相应的民事行为能力。如果一方是无民事行为能力人或限制民事行为能力人，且未经法定代理人同意或追认，那么该协议可能无效。
- 法律依据：无民事行为能力人签订的代持股协议无效，这包括不满8周岁的未成年人、不能辨认自己行为的成年人以及不能辨认自己行为的8周岁以上的未成年人。
特定情形下的无效：
- 在有限责任公司中，如果股权代持未经其他股东过半数同意且未取得公司认可，那么代持股协议可能被认定无效。这是为了维护公司内部治理结构的稳定性和股东的知情权。
- 如果代持股协议以合法形式掩盖非法目的，如逃避债务、规避外资准入限制等，那么该协议也会因违背法律的真实意图和公平正义原则而被认定无效。
实际案例与操作建议：
- 在实际操作中，因代持股协议产生纠纷的情况并不少见。如果一方不承认协议，另一方可以通过法律途径维护自己的权益，如提起诉讼或申请仲裁。
- 在签订代持股协议前，双方应充分了解相关法律法规和公司内部规定，确保协议内容合法、合规。同时，应保留好协议签订过程中的相关证据，以备不时之需。
总结与建议：代持股协议的效力并不取决于一方是否承认，而是取决于其是否符合法律法规的规定。在签订和执行代持股协议时，双方应谨慎行事，确保协议内容合法、合规，并保留好相关证据。如果因代持股协议产生纠纷，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律建议。