在交通事故中，若两车被判同等责任，且一车为营运车、另一车为非营运车，赔偿问题需结合双方损失及责任比例综合确定。以下是具体分析：

一、赔偿原则：按责任比例分担损失

根据《中华人民共和国民法典》第一千二百一十三条，机动车发生交通事故造成损害，属于该机动车一方责任的，先由承保机动车强制保险的保险人在强制保险责任限额范围内赔偿；不足部分，由商业保险赔偿；仍有不足的，由侵权人赔偿。在同等责任下，双方各自承担对方损失的50%。例如：若营运车损失为10万元，非营运车损失为6万元，则营运车方需自行承担5万元，同时赔偿非营运车方3万元；非营运车方需自行承担3万元，同时赔偿营运车方5万元。最终，营运车方实际获得赔偿2万元（5万-3万），非营运车方实际获得赔偿2万元（3万-1万，此处假设非营运车无其他损失需抵扣，仅为说明计算逻辑）。

二、营运车的特殊赔偿：停运损失

营运车因事故导致的停运损失（如货车无法运输、出租车无法载客等），属于间接损失，需由侵权方赔偿。根据《最高人民法院关于审理道路交通事故损害赔偿案件适用法律若干问题的解释》第十二条，因道路交通事故造成依法从事货物运输、旅客运输等经营性活动的车辆，因无法从事相应经营活动所产生的合理停运损失，当事人请求侵权人赔偿的，人民法院应予支持。在同等责任下，停运损失由双方各承担50%。例如：营运车因事故停运10天，每日损失2000元，总停运损失为2万元，则双方各承担1万元。

三、非营运车的赔偿范围

非营运车的赔偿主要包括车辆维修费、医疗费（若有人员受伤）、误工费（若车主因事故误工）等直接损失。同等责任下，非营运车的上述损失由营运车方赔偿50%，同时非营运车方需赔偿营运车方直接损失的50%。例如：非营运车维修费为2万元，营运车维修费为3万元，则非营运车方获得1万元赔偿（2万×50%），同时需赔偿营运车方1.5万元（3万×50%）。

四、保险理赔的注意事项

1. 交强险优先赔付：双方交强险需在限额内（财产损失2000元、医疗费1.8万元、死亡伤残18万元）先行赔偿，超出部分按责任比例分担。例如：营运车维修费为1.5万元，非营运车交强险需先赔偿2000元，剩余1.3万元由双方各承担6500元。
2. 商业险覆盖范围：若双方购买了商业三者险，超出交强险部分的损失可由保险公司赔付，但停运损失等间接损失可能需由侵权方自行承担（具体以保险合同约定为准）。

五、实务建议

1. 及时固定证据：营运车方需保留维修记录、停运证明（如运输合同、收入证明等），以证明停运损失的合理性。
2. 协商或诉讼解决：若双方对赔偿金额有争议，可先协商；协商不成，可向法院起诉，由法院根据证据认定损失并判决赔偿比例。

如有进一步疑问或需具体计算赔偿金额，可直接向我咨询，我会结合您的案情详细解答。