在机动车与营运车发生交通事故且双方被判定承担同等责任的情况下，营运损失的赔偿问题需依据相关法律法规及事故具体情况来确定。以下是对此问题的详细解答：

一、赔偿原则

在同等责任下，营运损失的赔偿原则上由双方按照50%的比例分担。这意味着，如果营运车辆因事故导致的停运损失为X元，那么双方各自应承担X/2元的赔偿责任。

二、保险赔偿

1. 交强险赔偿：

   • 涉事车辆若投保了交强险，保险公司需在财产损失赔偿限额内对营运损失承担赔偿责任。但需注意，交强险的赔偿限额通常较低，可能不足以覆盖全部营运损失。

2. 商业第三者责任险赔偿：

   • 若涉事车辆还投保了商业第三者责任险，超出交强险赔偿限额的部分，保险公司将根据保险合同约定，在责任限额内按事故责任比例（即50%）赔偿营运损失。

三、营运损失的确定与计算

1. 证据支持：

   • 营运车辆的所有者或经营者需提供充分的证据来支持其营运损失的索赔。这些证据包括但不限于：事故发生前后的营业收入流水、财务报表、维修费用发票、燃油费发票、保险费发票、驾驶员工资单等。

2. 计算方法：

   • 实际收入减少法：根据事故发生前后的平均日收入差额，扣除营运成本（如维修费用、燃油费、保险费、驾驶员工资等）后，乘以停运天数得出总损失。
   • 行业平均收入法：若无准确收入证明，可参考同行业、同类型车辆的平均收入水平来计算营运损失。

四、赔偿流程

1. 及时报案与定损：

   • 发生交通事故后，双方应及时向公安交通管理部门报案，并进行车辆定损。定损是确定车辆损失及营运停运时间的重要依据。

2. 协商赔偿：

   • 双方可自行协商赔偿事宜，就营运损失的赔偿金额、支付方式等达成一致意见。

3. 调解或诉讼：

   • 若协商不成，可请求公安机关交通管理部门或其他调解机构协助调解。调解不成的，可向人民法院提起民事诉讼，由法院根据相关法律法规及事故证据来判决赔偿金额。

五、注意事项

1. 保留相关证据：

   • 包括事故现场照片、维修发票、营运收入记录等，以备后续赔偿协商或诉讼之需。

2. 咨询专业人士：

   • 在处理赔偿事宜时，建议咨询专业律师或相关机构的意见，以确保自身权益得到充分保护。

综上所述，机动车与营运车发生交通事故且双方承担同等责任时，营运损失的赔偿需综合考虑保险赔偿、营运损失的确定与计算以及赔偿流程等多个方面。在处理此类问题时，应遵循相关法律法规的规定，并确保提供充分的证据来支持索赔。