针对员工与公司有纠纷且员工天天请假的情况，核心结论需分情况讨论，具体如下：

1. 若员工请假手续合法合规
   根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，员工因疾病或非工伤需要暂停工作治疗时，企业应依法给予医疗期（一般为3-24个月，具体根据工龄和社保缴纳年限确定）。在此期间：

   • 企业义务：需按不低于当地最低工资标准的80%支付病假工资，且不得随意解除劳动合同（除非员工存在严重违纪等法定情形）。
     
   • 纠纷处理建议：企业应主动与员工沟通，了解纠纷根源（如薪资争议、岗位调整等），尝试通过协商或内部调解解决。若纠纷涉及劳动仲裁或诉讼，企业需准备考勤记录、请假审批流程、工资发放凭证等证据，以应对可能的法律程序。
     
   • 风险提示：若企业单方面停发工资或解除合同，可能构成违法解除，需支付赔偿金（2N倍月工资，N为工龄）。

2. 若员工请假手续不合法（如虚假病假、未审批擅自离岗）

   • 企业权利：根据《劳动合同法》第39条，员工严重违反规章制度（如旷工达到一定天数）的，企业可解除劳动合同且无需支付补偿。
     
   • 操作步骤：
     
     1. 核实请假真实性（如要求提供病历、诊断证明等）；
        
     2. 检查内部请假制度是否明确（如需提前审批、病假需医院证明等）；
        
     3. 若员工拒不配合，可按制度发出书面警告，累计达到解除条件后依法处理。
        
   • 证据保留：需保存员工请假记录、沟通记录、制度公示证据等，避免因程序瑕疵被认定为违法解除。

3. 若纠纷与请假无关（如员工借请假拖延纠纷处理）

   • 协商优先：企业可主动提出调解方案（如调整岗位、补发薪资等），降低矛盾升级风险。
     
   • 法律途径：若协商无果，可向劳动仲裁委申请仲裁，主张员工履行劳动合同义务（如返岗工作）。若员工同时存在其他违法行为（如泄露商业秘密），可同步追究民事或刑事责任。
     

总结建议：企业需区分请假合法性，合法情形下以协商和证据准备为主，非法情形下按制度处理并保留证据。无论何种情况，均需避免情绪化决策，确保程序合法合规。如有具体纠纷细节，可进一步向我咨询，我会结合案例和法条为您详细分析。