结论：开发商在合同中约定收取业主3%的交易费是否合法，需结合具体交易背景、费用性质及当地政策综合判断。以下从不同角度分析：

1. 费用性质与合同约定合法性

• 若费用为“代办房产证服务费”：
  根据《民法典》第496条，合同条款需遵循公平原则。若开发商收取的费用明显高于实际代办成本（如仅需支付工本费、登记费等），可能被认定为“显失公平”，业主可主张调整或撤销该条款。
  示例：若当地房产证代办成本仅500元，但合同约定按房价3%收取（如房价100万则收费3万），显然不合理。

• 若费用为“税费转嫁”：
  房产证办理中涉及的税费（如契税、维修基金）通常由业主承担，但需明确约定。若开发商将本应由自身承担的费用（如开发环节税费）转嫁给业主，可能违反《税收征收管理法》第28条（禁止转嫁法定纳税义务），业主可拒绝支付并投诉至税务部门。

2. 地方政策限制

• 部分城市对房产交易手续费有明确上限。例如：
  
  • 北京市：根据《北京市发展和改革委员会关于降低本市住宅买卖经纪服务收费标准的通知》，住宅买卖经纪服务费最高不超过成交价的2.5%，且需明码标价。
    
  • 上海市：房产交易手续费按建筑面积收取，住宅类最高不超过5元/平方米。
    若合同约定的3%超出当地标准，业主可主张按政策执行，并要求开发商退还超额部分。

3. 合同条款的效力审查

• 格式条款无效情形：
  根据《民法典》第497条，若开发商未以显著方式提示业主注意该费用条款（如未加粗、未单独说明），或条款存在“免除自身责任、加重对方责任”的情形（如要求业主承担开发商违规导致的罚款），该条款可能被认定无效。

• 业主救济途径：
  若认为费用不合理，业主可：

  1. 与开发商协商修改合同；
     
  2. 向当地房管部门或市场监管局投诉；
     
  3. 提起民事诉讼，要求确认条款无效或调整费用。

4. 实务建议

• 核查费用明细：要求开发商提供费用构成清单，区分“代办服务费”“税费”等项目，并核对是否与实际发生金额一致。
  
• 对比市场行情：咨询其他业主或中介机构，了解同类服务收费标准，判断3%是否合理。
  
• 保留证据：保存合同、缴费凭证、沟通记录等，以备维权使用。

总结：3%的交易费是否合法需结合费用性质、地方政策及合同条款综合判断。若您认为费用不合理，建议先与开发商协商，协商不成可进一步向我咨询具体维权方案。