在民事案件中，若需要限制当事人办理护照以防止其出境，这通常是在特定法律程序和条件下进行的。根据《中华人民共和国护照法》的相关规定，以下情形下，护照签发机关（通常是公安机关出入境管理机构）将不予签发普通护照，其中就包括了与民事案件相关的一种情形：

人民法院通知有未了结的民事案件不能出境的：

• 当一个人涉及未了结的民事案件，并且法院认为其出境可能会影响案件的审理或执行时，法院有权通知出入境管理机构限制该人办理护照或出境。
• 这种限制是为了确保民事案件的顺利进行，防止当事人通过出境来逃避法律责任或影响案件的公正处理。

除了上述与民事案件直接相关的情形外，还有一些其他情形也可能导致护照不予签发，如：

• 不具有中华人民共和国国籍的；
• 无法证明身份的；
• 在申请过程中弄虚作假的；
• 被判处刑罚正在服刑的；
• 属于刑事案件被告人或者犯罪嫌疑人的；
• 国务院有关主管部门认为出境后将对国家安全造成危害或者对国家利益造成重大损失的；
• 公民因妨害国（边）境管理受到刑事处罚或者因非法出境、非法居留、非法就业被遣返回国的（在特定时间内）。

如何实施限制：

• 通常，法院会根据案件的具体情况，向出入境管理机构发出协助执行通知书，要求限制特定当事人的护照办理或出境。
• 出入境管理机构在收到法院的通知后，会按照法律程序对当事人的护照申请进行审查，并作出不予签发的决定。

注意事项：

• 这种限制是暂时的，并且与具体的民事案件紧密相关。一旦案件了结或法院认为不再需要限制出境，限制措施通常会被解除。
• 如果当事人认为限制措施不当或存在错误，可以通过法律途径进行申诉或寻求救济。

综上所述，民事案件中限制当事人办理护照主要是通过法院通知出入境管理机构来实现的，这是为了确保民事案件的顺利进行和法律责任的履行。