若土地经营权在合同中约定不能转让，但实际发生了转让行为，其法律后果及规定主要如下：
一、合同约定的效力
合同自由原则：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同双方有权在合同中约定各自的权利和义务，包括土地经营权的转让限制。因此，若合同中明确约定土地经营权不能转让，该约定对双方具有法律约束力。
违约责任：若一方违反合同约定，擅自转让土地经营权，将构成违约行为。根据合同约定及法律规定，违约方可能需要承担违约责任，包括但不限于赔偿损失、支付违约金等。
二、转让行为的法律后果
转让无效：若转让行为违反了合同中的明确约定，且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，那么该转让行为可能被认定为无效。这意味着转让合同自始不具有法律效力，双方需恢复原状，即转让方收回土地经营权，受让方返还已取得的权益。
法律责任：除了承担违约责任外，擅自转让土地经营权的一方还可能面临其他法律责任。例如，若转让行为导致土地被非法占用或破坏，转让方可能需要承担相应的行政责任或刑事责任。
三、特殊情况下的转让规定
发包方同意：尽管合同中约定了土地经营权不能转让，但在某些特殊情况下，如承包方因特殊原因确实需要转让土地经营权，且经发包方同意的，可能可以突破合同约定进行转让。但这种情况需要严格符合法律规定的条件和程序。
法律强制规定：在极少数情况下，法律可能对土地经营权的转让作出强制规定。例如，因国家征收、征用等原因需要强制转让土地经营权的，此时合同中的转让限制约定可能无法对抗法律的强制规定。
四、实际操作建议
严格遵守合同约定：双方应严格遵守合同中关于土地经营权转让的约定，避免擅自转让行为的发生。
及时沟通协商：若因特殊原因确实需要转让土地经营权，双方应及时沟通协商，寻求合法合规的解决方案。例如，可以尝试与发包方协商变更合同条款或寻求其他合法途径进行转让。
寻求法律帮助：若双方在土地经营权转让问题上存在争议或无法达成一致意见，建议及时寻求法律帮助。作为专业律师，我可以根据具体情况提供针对性的法律建议和解决方案。
总结来说，土地经营权在合同中约定不能转让的情况下，擅自转让可能面临合同无效、违约责任等法律后果。因此，双方应严格遵守合同约定，并在必要时及时沟通协商或寻求法律帮助。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。