针对您提出的“老师从书店拿回扣怎么处理”这一问题，这实际上涉及到教育系统中的商业贿赂问题，是一个严肃且需要深入探讨的话题。以下是我根据相关政策文件和实际操作经验，为您提供的详细解答：

一、明确商业贿赂的严重性和危害性

商业贿赂在教育系统中，尤其是教材、图书购销领域，是一个不容忽视的问题。它不仅破坏了公平竞争的市场环境，还损害了教育的公益性和公正性，甚至可能引发职务犯罪。因此，对于老师从书店拿回扣的行为，我们必须从政治和全局的高度来认识其严重性和危害性。

二、治理商业贿赂的政策依据

教育部已经多次下发文件，如《教育部治理商业贿赂专项工作简报》和《中共教育部党组关于贯彻落实中央部署，做好教育系统开展治理商业贿赂专项工作的通知》等，明确要求教育系统各级党组织、各级教育行政部门、各级各类学校要深入开展治理商业贿赂专项工作，坚决纠正在经营活动中违反商业道德和市场规则，影响公平竞争的不正当交易行为，严肃查处违反法律法规给予和收受财物或其他利益的商业贿赂案件。

三、具体处理措施

1. 自查自纠：

   • 学校应组织相关部门和人员，对教材、图书购销等环节进行自查自纠，重点检查是否存在老师从书店拿回扣等商业贿赂行为。
   • 对于自查中发现的问题，要立即予以纠正，并认真分析监管中的薄弱环节和制度上的漏洞，研究提出整改措施。

2. 严肃查处：

   • 对于自查和专项检查中发现的案件线索，学校应认真排查，并及时报告给相关执法执纪机关。
   • 纪检监察部门应重点查处涉及国家机关工作人员利用职权谋取非法利益、索贿受贿的行为，从严惩处性质恶劣、情节严重、涉案范围广、影响面大的商业贿赂案件。

3. 完善制度：

   • 学校应建立健全教材、图书购销等环节的规章制度，明确采购程序、折扣方式、合同管理等，形成相互制约机制。
   • 加强对采购人员的培训和管理，提高他们的法律意识和职业道德水平，防止商业贿赂行为的发生。

4. 加强监督：

   • 学校应加强对教材、图书购销等环节的监督力度，定期或不定期地进行检查和审计。
   • 鼓励师生和家长对商业贿赂行为进行举报和监督，形成全社会共同参与的良好氛围。

四、对老师的具体建议

• 增强法律意识：老师应认真学习相关法律法规和政策文件，明确商业贿赂的违法性和危害性。
• 坚守职业道德：老师应坚守职业道德底线，不参与任何形式的商业贿赂行为。
• 积极举报：如果老师发现身边存在商业贿赂行为，应积极向学校或相关执法执纪机关举报。

综上所述，对于老师从书店拿回扣的行为，我们必须坚决予以制止和查处。通过自查自纠、严肃查处、完善制度和加强监督等措施，共同营造一个公平、公正、廉洁的教育环境。