虚开发票属于严重的违法行为，针对甲方虚开90万发票给乙方的情形，处理方式需结合具体情节和法律规定综合判断，以下是分情况说明：

1. 若乙方不知情且无过错
   根据《刑法》第二百零五条之一及《发票管理办法》相关规定，虚开发票需以“故意”为构成要件。若乙方对甲方虚开发票的行为完全不知情（例如未参与伪造交易、未支付“开票费”等），且能提供真实交易合同、资金流水、物流单据等证据证明业务真实性，则乙方通常不构成犯罪，但需配合税务机关调查，可能面临补缴税款、滞纳金等行政责任。
   建议：乙方应立即停止使用该发票，主动向税务机关说明情况，提交真实业务证据，避免被认定为“善意取得虚开发票”外的其他情形（如恶意取得）。

2. 若乙方知情或参与虚开
   若乙方与甲方合谋虚开发票（例如通过虚构交易、资金回流等方式套取发票），或明知发票虚假仍用于抵扣税款、成本列支等，则双方均构成虚开发票罪的共犯。根据《刑法》第二百零五条，虚开税款数额较大（通常指50万元以上）的，处三年以下有期徒刑或拘役，并处罚金；数额巨大（250万元以上）或有其他严重情节的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金。
   本案中90万虚开金额已达“数额较大”标准，若乙方被认定为主犯或积极参与者，可能面临刑事处罚；若为从犯，可从轻或减轻处罚。
   建议：乙方应立即停止违法行为，主动向公安机关或税务机关自首，退还非法抵扣的税款，争取从宽处理（如自首、立功、认罪认罚等情节可能减轻处罚）。

3. 行政责任与刑事责任的衔接
   即使未达到刑事立案标准，虚开发票行为仍可能违反《发票管理办法》第三十五条，由税务机关责令改正，处1万元以上5万元以下罚款；情节严重的，处5万元以上50万元以下罚款，并没收违法所得。
   若已构成犯罪，税务机关会将案件移送公安机关立案侦查，刑事处罚与行政处罚不互相替代，但行政罚款可能折抵罚金。

总结与风险提示

• 虚开发票的法律风险极高，涉及刑事犯罪与行政处罚双重责任，企业及个人应严格遵守发票管理规定，杜绝任何形式的虚开行为。
  
• 若您或乙方已涉及此类问题，建议立即整理交易证据（如合同、付款记录、物流单据等），评估参与程度，并咨询专业律师制定应对策略（如自首、辩护方向等）。
  
• 如有进一步疑问，可直接向我提问，我将结合具体情节为您提供详细法律分析。