个体诊所备案注销时，法人是否需要与负责人协商，需根据具体情况判断，具体分析如下：

1. 若法人与负责人为同一人：此时不存在协商问题，法人（即负责人）自行决定并办理注销手续即可。根据《医疗机构管理条例》及其实施细则，个体诊所的备案注销主要由其设立者（即法人或负责人）发起，若两者身份重合，则无需他人协商。

2. 若法人与负责人非同一人：

   • 从法律程序角度：注销备案属于诊所的重大事项，通常需法人同意或授权。若负责人欲注销诊所，应先与法人沟通并取得其同意，否则可能因程序瑕疵导致注销无效或引发法律纠纷。
   • 从合同或章程约定角度：若诊所的章程或法人与负责人签订的合同中明确约定了注销需双方协商或法人同意，则负责人必须遵守约定，否则可能构成违约。
   • 从实际运营角度：即使法律或合同未明确要求协商，从诊所运营的连续性和稳定性考虑，负责人也应与法人充分沟通，确保注销过程顺利，避免因信息不对称或利益冲突引发不必要的麻烦。

建议：在注销个体诊所备案前，负责人应先确认法人与自己的身份关系，若非同一人，则务必与法人协商并取得其同意，同时按照相关法律法规和程序要求办理注销手续。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。