部队经适房只有发和单方协议是不合法的。具体分析如下：
部队经适房，作为军队建设的经济适用住房，其购买、出售、转让等交易行为，都需要严格遵守国家及军队的相关规定。在房产交易中，合法有效的协议是双方权益保障的基础。通常，房产交易协议应当是双方协商一致，明确各自权利义务的书面文件。
协议双方性：合法的房产交易协议应当是买卖双方共同签署的，即双方协议。单方协议，顾名思义，只有一方签署，缺乏另一方的确认和同意，因此不具备法律效力。在部队经适房的交易中，如果只有发（可能是指发售方或管理方）和单方协议，而没有购房者的签署和同意，那么这样的协议是无法律效力的。
合规性要求：部队经适房的交易还需要符合军队的相关规定。这些规定可能包括购房者的资格审核、购房程序、付款方式、产权转移等多个方面。只有完全符合这些规定，交易才能被视为合法有效。
法律风险：如果部队经适房的交易只有发和单方协议，那么购房者将面临巨大的法律风险。一旦发售方或管理方违约，购房者将难以通过法律途径维护自己的权益。因为单方协议本身就不具备法律效力，所以无法作为维权的依据。
综上所述，部队经适房只有发和单方协议是不合法的。购房者在进行部队经适房交易时，应当谨慎审查交易协议的合法性和有效性，确保自己的权益得到充分保障。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。