结论前置：树枝侵入他人院内，未经允许修剪掉是否违法，需分情况讨论。一般情况下，若树枝确实对他人生活造成实质影响，且修剪行为合理必要，可能不构成违法；但若修剪行为超出必要限度或未经权利人同意，则可能构成侵权或违法。

详细分析：

1. 树枝侵入院内的法律性质：

   • 根据《民法典》的相关规定，不动产的相邻权利人应当按照有利生产、方便生活、团结互助、公平合理的原则，正确处理相邻关系。树枝侵入他人院内，若对他人生活造成实质影响（如遮挡阳光、影响通风、存在安全隐患等），则可能构成对相邻权的侵犯。

2. 修剪行为的合法性判断：

   • 合理必要原则：若树枝确实对他人生活造成实质影响，且修剪行为是合理且必要的，以消除影响、恢复原状为目的，那么这种修剪行为可能不构成违法。但修剪时应当注意方式方法，避免对树木造成过度损害。
   • 未经同意的修剪：若未经树木权利人同意，擅自修剪其树木，即使树枝已侵入他人院内，也可能构成对树木所有权的侵犯。因为树木作为不动产的一部分，其所有权受法律保护，未经权利人同意，他人不得擅自处分。
   • 超出必要限度的修剪：即使树枝对他人生活造成影响，但修剪行为超出必要限度，如过度修剪导致树木死亡或严重损害其生长，也可能构成侵权或违法。此时，修剪者可能需要承担赔偿责任。

3. 可能的法律后果：

   • 若修剪行为被认定为违法或侵权，修剪者可能需要承担停止侵害、恢复原状、赔偿损失等民事责任。
   • 在极端情况下，如修剪行为导致严重后果（如树木死亡、他人受伤等），修剪者还可能面临行政处罚或刑事责任。

法律建议：

• 在发现树枝侵入院内时，首先应与树木权利人沟通协商，寻求合理解决方案。
• 若协商无果，且树枝确实对生活造成实质影响，可考虑通过法律途径解决，如向相关部门投诉或提起民事诉讼。
• 在进行修剪前，应确保修剪行为合理必要，且尽量取得树木权利人的同意。修剪时应注意方式方法，避免对树木造成过度损害。

进一步思考：

• 在处理此类纠纷时，应充分考虑相邻关系的原则和精神，以和谐、理性的方式解决问题。
• 若对法律条款或具体操作有疑问，建议直接向我咨询，以便获得更专业、更具体的法律建议。