在行政拆迁补偿协议中，双方确实是平等主体，这一平等性体现在法律地位、权利义务以及救济途径等多个层面。以下是对这一问题的详细解答：
一、法律地位平等
在行政拆迁补偿协议中，行政机关（如征收部门）与被征收人（无论是自然人还是法人）在法律地位上是平等的。这意味着，双方均受法律的同等保护，没有哪一方可以凭借其特殊地位或权力来压制另一方。这种平等性是基于《民法典》、《国有土地上房屋征收与补偿条例》等法律法规的明确规定。
二、权利义务对等
协商过程的平等参与：被征收人有权充分了解补偿标准、安置方案等关键信息，并基于这些信息自主决定是否签署协议。行政机关不得通过非法手段，如断水断电、威胁恐吓等，来迫使被征收人接受不合理的条件。
补偿标准的公平性：补偿应当基于市场评估价值，确保被征收人不会因为拆迁而降低其生活水平。例如，某些地区会规定住宅按周边同类房价的一定比例进行置换，商铺则按其经营收益进行折现补偿。
违约责任的双向约束：如果行政机关未能按照协议约定的时间支付补偿款，那么它需要承担逾期利息或赔偿责任。同样，如果被征收人拒绝按照协议腾退房屋，他们也可能面临强制执行以及违约金的处罚。
三、救济途径平等
在争议解决方面，双方均享有平等的救济途径。无论是行政机关还是被征收人，如果认为协议存在不公平或违法之处，都有权通过行政复议、诉讼等法律手段来维护自己的权益。
四、实践中保障平等性的措施
为了确保拆迁补偿安置协议的平等性，实践中还采取了一系列措施：
程序正义要求：征收决定需要经过公告、听证等法定程序，以确保被征收人能够充分表达自己的意见。协议的签订也必须是双方自愿的，禁止任何形式的强迫或变相强迫。
司法监督强化：法院有权对显失公平的补偿协议进行撤销或变更。同时，行政复议机关也会对违法的行政行为进行责令纠正。
社会监督补充：媒体曝光和公众监督可以促使征收行为更加透明化。此外，律师的介入也为被征收人提供了专业的法律咨询，增强了他们在谈判中的能力。
综上所述，行政拆迁补偿协议中的双方确实是平等主体。这种平等性不仅体现在法律地位上，还体现在权利义务的对等以及救济途径的平等上。尽管在实践中可能会遇到一些挑战，但通过完善立法、规范执法、强化司法救济和社会监督等措施，我们可以有效地保障双方的平等地位，实现公平合理的拆迁补偿目标。