房屋拆迁补偿协议确实是通过相互协商而签订的。这一协议在法律性质上属于合同，具有合同的基本特征，并受到相关法律的保护和约束。以下是对此问题的详细解析：
一、协议的法律性质
房屋拆迁补偿协议是一种具有特殊性质的合同，它明确了拆迁人与被拆迁人（及可能的房屋承租人）之间在拆迁补偿中的权利义务关系。这种协议的签订，是基于双方平等、自愿的原则，通过充分协商达成的。
二、协商签订的过程
主体平等性：在签订房屋拆迁补偿协议时，拆迁人与被拆迁人在法律地位上是平等的。尽管拆迁活动可能带有行政背景，但在协议签订环节，双方均享有表达意愿、协商条款的平等权利。
意思表示一致性：协议的达成是基于双方就补偿方式（如货币补偿或产权调换）、补偿金额、安置房屋的面积和地点、搬迁期限、搬迁过渡方式和过渡期限等核心事项进行充分协商，并达成一致意见的结果。这意味着，协议的内容是双方共同认可的，而非单方面强加的。
协商的灵活性：在协商过程中，双方可以根据实际情况和需求，对协议条款进行灵活调整。例如，如果被拆迁人对补偿金额不满意，可以与拆迁人进一步协商，争取更合理的补偿。
三、协议的法律约束力
一旦双方签订房屋拆迁补偿协议，其内容即对双方产生法律上的拘束力。双方必须严格按照协议约定履行各自的义务。若一方不履行或不完全履行，另一方有权通过法律途径追究对方的违约责任，以维护自身合法权益。
四、实际操作中的注意事项
明确协议主体：房屋拆迁补偿协议通常由房屋征收部门与被征收人签订。被征收人应确保自己是房屋的所有权人，或具有合法的代理权。
详细列出协议内容：协议应包含补偿方式、补偿金额和支付期限、产权调换房屋信息、搬迁费和临时安置费、停产停业损失（如适用）、搬迁期限和过渡安排等关键条款。
针对特殊情形做出妥善处理：如房屋存在共有情况、公房租赁等特殊情形，应确保所有相关方都参与协议的签订，并明确各自的权利义务。
总结：房屋拆迁补偿协议是通过拆迁人与被拆迁人相互协商而签订的，具有合同的基本特征和法律约束力。双方在签订协议时应充分了解其法律性质和后果，确保自身权益得到有效保障。