结论：民事调解款项若被错误认定为诈骗犯罪所得，调解协议的效力及是否应撤销需根据具体情况判断，通常可通过法律程序申请撤销或确认无效。以下从不同角度详细分析：
一、调解协议被认定为诈骗犯罪所得的常见情形及法律后果
调解协议本身构成诈骗犯罪的组成部分
若调解协议是诈骗犯罪的手段（如通过虚构事实、隐瞒真相骗取对方财物），则调解协议可能因违反《民法典》第148条（欺诈）或第154条（恶意串通）被认定为无效。此时，受害方可通过诉讼或仲裁申请确认调解协议无效，法院或仲裁机构将依法撤销调解结果。
调解款项来源非法（如赃款）
若调解款项本身是诈骗犯罪的赃款，根据《刑法》第64条，赃款应依法追缴并返还被害人。此时，调解协议中涉及赃款的部分可能被撤销，但需注意：
- 若调解协议双方均不知情（善意取得），可能仅追缴赃款部分，不影响协议其他条款效力；
- 若一方明知是赃款仍参与调解，可能构成掩饰、隐瞒犯罪所得罪，调解协议整体可能被撤销。
调解程序存在违法或胁迫
若调解过程中存在胁迫、暴力或违反法定程序（如未告知当事人权利），根据《民事诉讼法》第208条，当事人可申请再审或撤销调解书。
二、是否应撤销调解的判断标准
主体资格审查
- 若调解一方是诈骗犯罪嫌疑人或被害人，需审查其是否具备民事行为能力（如是否被刑事拘留影响诉讼能力）；
- 若调解涉及公司犯罪，需审查公司代表人是否越权或存在利益冲突。
内容合法性审查
- 调解协议内容是否违反法律强制性规定（如禁止流通物交易）；
- 调解款项是否涉及非法利益（如赌债、毒资）。
程序正当性审查
- 调解是否在自愿、公平基础上进行；
- 调解组织或调解员是否存在偏袒或违法行为。
三、实务操作建议
申请撤销调解的途径
- 诉讼途径：向法院提起民事诉讼，请求确认调解协议无效或撤销调解书（需在知道撤销事由之日起1年内提出）；
- 刑事附带民事诉讼：若诈骗犯罪已立案，可在刑事诉讼中提出附带民事诉讼，要求返还财产或赔偿损失；
- 执行异议：若调解书已进入执行阶段，可向法院提出执行异议，主张调解协议无效。
证据收集要点
- 证明调解协议存在欺诈、胁迫的证据（如录音、聊天记录）；
- 证明款项来源非法的证据（如银行流水、犯罪嫌疑人供述）；
- 调解程序违法的证据（如调解笔录、调解员资质证明）。
风险防范提示
- 调解前务必核实对方身份及款项来源，避免参与可疑交易；
- 调解协议中应明确约定“若款项涉及非法活动，协议自动失效”等条款；
- 涉及大额款项时，建议同步咨询刑事律师，评估法律风险。
四、典型案例参考
- 案例1：甲因诈骗被立案，其与乙签订的调解协议约定用赃款偿还债务。法院审理后认定调解协议无效，赃款依法追缴，乙需通过刑事追赃程序主张权利。
- 案例2：丙在调解中被胁迫签署协议，后提供录音证据证明胁迫事实。法院撤销调解书，并判决对方赔偿损失。
总结：民事调解款项被认定为诈骗犯罪所得时，是否撤销需结合主体、内容、程序三方面综合判断。若您遇到此类问题，建议携带调解协议、付款凭证等材料直接向我咨询，我将根据具体案情制定维权方案。