结论：自然人死亡获得的补偿金是否需要用来还债以及能否留一部分给儿子，这主要取决于补偿金的性质、债务情况以及继承法的相关规定。以下是对这一问题的详细分析：
补偿金的性质：
- 如果补偿金是因自然人死亡而获得的特定赔偿，如死亡赔偿金、抚恤金等，这些资金通常具有特定用途，如用于弥补因死亡造成的家庭经济损失、支付丧葬费用等。在多数情况下，这类补偿金并不直接视为遗产，而是用于特定目的，因此可能不直接用于偿还死者生前的债务。但需注意，如果补偿金中明确包含了用于偿还债务的部分，或者法律、法规有特别规定，则可能需要用于还债。
- 如果补偿金被明确认定为遗产的一部分，那么根据继承法的规定，遗产需要先用于偿还死者的债务，剩余部分才能由继承人继承。
债务情况：
- 如果死者生前有未清偿的债务，且这些债务属于合法债务，那么根据法律规定，遗产（如果补偿金被认定为遗产）或特定补偿金（如果法律有特别规定）可能需要用于偿还这些债务。
- 如果债务已经得到清偿，或者债务不属于合法债务（如赌债等），则补偿金不需要用于还债。
继承法的相关规定：
- 根据《中华人民共和国民法典》继承编的相关规定，遗产在继承前需要先清偿死者的债务和税款。这意味着，如果补偿金被认定为遗产，且死者有未清偿的债务，那么补偿金可能需要先用于还债，剩余部分才能由继承人继承。
- 在继承过程中，如果有多名继承人，他们可以根据法定继承或遗嘱继承的方式分配剩余的补偿金。在这种情况下，儿子作为法定继承人之一，有权继承其应得的份额。
具体建议：
- 了解补偿金的性质：首先，需要明确补偿金的具体性质和用途，以确定其是否属于遗产范畴以及是否需要用于还债。
- 梳理债务情况：对死者的债务情况进行全面梳理，了解债务的种类、金额以及是否合法。
- 咨询专业律师：在处理这类复杂问题时，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议。律师可以根据具体情况分析补偿金的性质、债务情况以及继承法的相关规定，为你提供更准确的法律指导。
举例说明：
假设某人因交通事故死亡，获得了一笔死亡赔偿金。如果这笔赔偿金被明确用于弥补家庭经济损失和支付丧葬费用，且没有剩余部分，那么它就不需要用于偿还死者生前的债务。但如果赔偿金有剩余，且死者生前有未清偿的合法债务，那么剩余部分可能需要先用于还债，剩余部分再由继承人继承。在这种情况下，儿子作为法定继承人之一，有权继承其应得的份额。
总之，自然人死亡获得的补偿金是否需要用来还债以及能否留一部分给儿子，需要根据具体情况进行判断。如果你面临这样的问题，建议直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供更详细的法律建议。