若案件因被告自动撤回申请而终结，您可依据实际情况选择以下处理方式：

1. 确认终结程序及效力
   首先需明确被告撤回申请的具体程序（如撤回起诉、上诉、仲裁申请等）及法院/仲裁机构的裁定结果。根据《民事诉讼法》第148条，原告撤诉后法院裁定准许的，案件终结，但原告可再次起诉（离婚案件除外）；若被告撤回反诉或上诉，则反诉/上诉程序终结，原判决可能生效。您需核对裁定书内容，确认案件是否彻底终结或进入其他程序。

2. 评估是否需重新启动程序

   • 若您为原告：若被告撤回申请导致您的诉求未实现（如被告撤回反诉但原诉未解决），您可继续推进原诉程序；若案件整体终结且您仍有诉求，需在诉讼时效内重新起诉（注意离婚案件撤诉后需6个月后才能再诉）。
     
   • 若您为被告：若您主动撤回申请（如上诉、反诉），需评估是否需通过其他途径（如协商、另行起诉）解决争议；若您因原告撤诉导致案件终结，需关注原告是否会再次起诉，并提前准备证据。

3. 处理后续法律后果

   • 诉讼费用：根据《诉讼费用交纳办法》，撤诉案件诉讼费由原告负担（被告撤回反诉的同理），但您可与对方协商分担或申请法院退还部分费用。
     
   • 证据保留：即使案件终结，仍需保留相关证据（如合同、转账记录、沟通记录等），以防对方后续主张权利或您需另行维权。
     
   • 执行问题：若案件已进入执行阶段被告撤回申请，需确认执行程序是否终止；若原判决已生效，您仍可申请强制执行。

4. 特殊情形应对

   • 恶意撤诉：若对方撤诉旨在拖延时间或损害您权益（如反复起诉撤诉），您可向法院提出异议，或依据《民法典》第154条主张对方行为恶意，要求赔偿损失。
     
   • 涉外/仲裁案件：若案件涉及涉外因素或仲裁程序，需根据《仲裁法》或国际条约（如《纽约公约》）处理撤诉后的效力问题，可能需重新申请仲裁或确认裁决效力。

建议行动步骤：

1. 立即获取法院/仲裁机构出具的正式裁定书，明确案件终结状态；
   
2. 根据您的诉讼地位（原告/被告）及诉求，评估是否需重新起诉、上诉或申请再审；
   
3. 整理案件材料，咨询专业律师（可直接向我提问）制定后续策略，避免诉讼时效或权利行使期限经过。
   

如有进一步细节（如案件类型、撤回申请的具体程序），可补充说明，我将为您针对性分析。