在监察案件中，未扣押的违法款项不可以直接没收。以下是对此问题的详细分析：

法律依据与程序要求

根据《中华人民共和国监察法》及相关规定，监察机关在调查过程中，对于涉嫌违法取得的财物，应当依法予以查封、扣押、冻结。这一程序要求是为了确保违法所得的合法、有效追缴，并保障被调查人的合法权益。直接没收未扣押的违法款项，缺乏法律程序上的支持，且可能侵犯被调查人的财产权。

没收程序的合法性

没收违法所得通常需要经过一系列法律程序，包括但不限于：

1. 调查取证：监察机关需收集充分证据证明违法所得的存在及其与违法行为的关联性。
2. 审查决定：在证据确凿的基础上，监察机关需依法作出没收违法所得的决定，并告知被调查人相关权利。
3. 执行程序：没收决定需依法执行，包括通知相关金融机构划转资金、查封扣押财物等。

未扣押的违法款项，由于未经过上述程序，因此不能直接没收。

实际操作中的注意事项

1. 确保程序合法：监察机关在调查过程中，应严格遵守法定程序，确保每一步都合法合规。对于未扣押的违法款项，应通过合法途径进行追缴，如通过银行转账记录、交易凭证等证据，依法申请法院执行。
2. 保障被调查人权益：在追缴违法所得的过程中，应充分保障被调查人的合法权益，如告知其相关权利、提供申诉途径等。
3. 加强证据收集：对于涉嫌违法的款项，监察机关应加强证据收集工作，确保有充分证据证明其违法性，为后续的追缴工作提供有力支持。

可能的法律后果

如果监察机关直接没收未扣押的违法款项，可能面临以下法律后果：

1. 程序违法：直接没收未扣押的违法款项，可能构成程序违法，导致没收决定被撤销或确认无效。
2. 赔偿损失：如果因直接没收行为给被调查人造成损失的，监察机关可能需要承担赔偿责任。
3. 纪律处分：相关责任人员可能因程序违法而受到纪律处分，甚至承担刑事责任。

综上所述，监察案件中未扣押的违法款项不可以直接没收。监察机关应严格遵守法定程序，通过合法途径追缴违法所得，并充分保障被调查人的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。