您好，关于您提出的“超过两年了申请国家赔偿还有效吗以及该怎么办”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
首先，我们需要明确国家赔偿的时效规定。根据《中华人民共和国国家赔偿法》第三十九条，赔偿请求人请求国家赔偿的时效为两年，这个时效是从您知道或者应当知道国家机关及其工作人员行使职权时的行为侵犯您的人身权、财产权之日起开始计算的。同时，被羁押等限制人身自由期间是不计入这个时效内的。如果在时效的最后六个月内，因为不可抗力或者其他障碍导致您无法行使请求权，那么时效会中止，待障碍消除后继续计算。
接下来，我们分析超过时效的可能后果。一旦超过时效，赔偿义务机关可能会主张时效抗辩，这意味着在常规的国家赔偿程序中，您可能会丧失胜诉权，法院可能不再支持您的赔偿请求。但是，这并不意味着您的实体权利就完全消灭了。如果赔偿义务机关自愿履行赔偿，或者您们双方能够达成和解，那么您仍然有可能获得赔偿。
那么，如果超过了时效，您应该怎么办呢？以下是一些可能的补救措施：
与赔偿义务机关协商：即使超过了时效，您仍然可以尝试与赔偿义务机关进行沟通，说明您的情况，并争取通过协商的方式解决赔偿问题。在某些情况下，赔偿义务机关可能会基于人道主义或者社会影响的考虑，给予您一定的补偿。
寻求其他法律途径：如果侵权行为同时构成了民事侵权，您还可以考虑通过民事诉讼的方式来主张您的权利。当然，这需要注意民事诉讼的时效问题。另外，如果是因为行政机关的违法行政行为导致了您的损失，您还可以依据《行政诉讼法》的规定，起诉该行政行为违法，从而间接地推动赔偿问题的解决。
利用特殊情形下的时效中断/延长规则：如果您存在时效中止的事由，比如不可抗力等，您可以主张时效暂停计算。另外，如果您因为正当理由耽误了期限，也可以申请顺延，但需要符合法定的条件，并提供相应的证据。
向上级机关或监察部门反映：您还可以通过信访、举报等方式，向上级机关或者监察部门反映您的情况，引起他们的关注，从而促使赔偿义务机关主动处理您的问题。但需要注意的是，这种方式并不直接产生法律效力。
借助媒体或社会力量监督：在合法范围内，您还可以考虑公开您的事件，形成一定的舆论压力，推动问题的解决。但在这个过程中，您需要注意避免侵犯他人的隐私或者进行诽谤等行为。
最后，我想给您一些预防未来类似问题的建议。首先，一旦发现您的权益受到了损害，应该尽快启动索赔程序，避免因为疏忽而错过时效。其次，要完整保存好与侵权行为相关的证据材料，为后续的维权提供有力的支撑。最后，如果案件比较复杂，建议您及时向专业的律师或者法律援助机构寻求指导，确保您的维权路径是正确的。
希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或者需要进一步的帮助，请随时告诉我。