针对您提出的“员工去世了持有公司股权怎么办”这一问题，这是一个既涉及公司治理又涉及法律继承的重要问题。以下是我为您提供的详细解答：
一、基本原则
公司章程优先：
- 首先，我们需要查看公司章程中是否有关于股东去世后股权处置的特别规定。如果公司章程有明确规定，比如其他股东的优先购买权、公司回购等条款，那么应严格按照这些规定来执行。
合法继承：
- 如果公司章程没有特别规定，那么去世员工的股权将作为其个人合法财产，依据《民法典》中的继承法规定进行继承。
二、具体操作步骤
确定继承人：
- 根据《民法典》的规定，第一顺序继承人为配偶、子女、父母；第二顺序为兄弟姐妹、祖父母、外祖父母。在没有第一顺序继承人的情况下，由第二顺序继承人继承。
- 如果去世员工生前立有遗嘱或遗赠协议，那么股权将按照遗嘱或遗赠协议进行分配。
审查公司章程：
- 在办理股权继承之前，必须仔细审查公司章程，确认是否存在对股东资格继承的特别限制或条件。
办理继承手续：
- 继承人需要准备死亡证明、继承权证明等相关材料，并提交给公司以便办理股权变更手续。
- 如果公司章程或其他法律规定其他股东享有优先购买权，那么需要征询其他股东的意见。如果其他股东不行使优先购买权，那么继承人可以继承股权。
工商变更登记：
- 继承人继承股权后，需要按照法定程序向公司登记机关申请办理工商变更登记，以确保其股东地位的合法性。
三、特殊情况处理
股权代持：
- 如果去世员工的股权存在代持情况，那么需要区分对内和对外关系。对外，按照公司登记层面的信息进行处理；对内，则依据代持协议等证据来主张权益。
职工持股会：
- 如果去世员工属于职工持股会成员，那么其股权处理应遵循职工持股会的章程或相关规定。这可能包括由职工持股会回购股权后再进行分配等方式。
股权纠纷解决：
- 在股权继承过程中，如果出现股权纠纷，可以通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式来解决。
四、重要法律点提示
- 优先购买权：在有限责任公司中，其他股东在同等条件下可能享有优先购买权，这是为了保护公司内部的稳定性。
- 遗赠接受表示：如果去世员工通过遗赠方式将股权赠予他人，那么受遗赠人需要在知道受遗赠后六十日内作出接受或放弃的表示，否则将视为放弃。
- 法律咨询：鉴于股权处理的复杂性，建议相关方在处理过程中咨询专业律师，以确保整个过程的合法性和合规性。
综上所述，员工去世后其股权的处理需要综合考虑公司章程、继承法规定以及公司治理程序等多方面因素。在处理过程中，应确保合法合规，避免产生纠纷，并妥善解决可能出现的特殊情况。