代持股东去世后，其代持的股份通常需根据实际出资人意愿、代持协议约定及法律规定综合处理，核心步骤包括确认实际出资人身份、处理继承问题、办理股权变更登记。具体分析如下：

一、确认实际出资人身份是处理股份的前提

1. 代持协议的效力：若实际出资人与去世股东（名义股东）签订了合法有效的股权代持协议，且协议中明确约定了股权归属实际出资人，则实际出资人有权依据协议主张权利。此时，需审查协议是否违反法律强制性规定（如涉及特定行业准入限制的股权代持可能无效），若协议有效，实际出资人可要求去世股东的继承人配合办理股权变更登记。
2. 无协议或协议无效的情形：若未签订代持协议，或协议因违法无效，实际出资人需通过其他证据（如出资凭证、分红记录、公司及其他股东认可等）证明其实际出资人身份。此时，处理难度增加，可能需通过诉讼确认股权归属。

二、去世股东的股份继承问题

1. 有明确继承人的情形：若去世股东的继承人明确且未放弃继承，根据《民法典》继承编，股份作为遗产可由继承人继承。但需注意，若代持协议约定股权不属于遗产，或实际出资人已主张权利，继承人可能无法直接继承股权，而仅能继承去世股东对实际出资人的债权（如代持报酬请求权）。
2. 无继承人或继承人放弃继承的情形：若去世股东无继承人或继承人放弃继承，股份可能归国家或集体所有（适用于国有企业或集体企业股权），或按公司章程规定处理（如由其他股东受让）。此时，实际出资人需及时主张权利，避免股权被他人取得。

三、股权变更登记的办理

1. 继承人配合的情形：若继承人认可代持关系，或实际出资人已通过协商、诉讼确认股权归属，继承人需配合办理股权变更登记，将股权过户至实际出资人名下。此时，需提交代持协议、继承公证书、公司章程等材料。
2. 继承人不配合的情形：若继承人不配合，实际出资人可向法院提起诉讼，要求确认股权归属并强制办理变更登记。法院判决后，实际出资人可凭判决书向公司登记机关申请变更。

四、特殊情形下的处理

1. 公司其他股东优先购买权：若实际出资人要求显名（即成为公司登记股东），需经公司其他股东过半数同意。若其他股东行使优先购买权，实际出资人可能无法直接取得股权，而需通过股权转让实现权益。
2. 涉及隐名投资限制的情形：若股权代持涉及特定行业（如金融、证券）或外资准入限制，实际出资人可能因不符合主体资格而无法显名，此时需通过股权转让、信托等方式间接实现权益。

建议：实际出资人应尽早与去世股东的继承人沟通，明确股权处理方案；若协商无果，及时收集证据并通过法律途径解决。我是专业律师，擅长处理公司股权纠纷，若您有进一步问题，可直接向我咨询。