在刑事案件中，主动上交非法所得（如您提到的五千条烟）并认罪认罚，确实可能对量刑产生积极影响，但具体能否轻判以及轻判的幅度，需结合案件具体情况综合判断。以下从不同角度为您详细分析：
一、认罪认罚从宽制度的影响
根据《刑事诉讼法》及相关司法解释，犯罪嫌疑人、被告人自愿如实供述自己的罪行，承认指控的犯罪事实，愿意接受处罚的，可以依法从宽处理。这一制度的核心在于鼓励犯罪嫌疑人、被告人主动认罪，节约司法资源，同时体现刑罚的个别化原则。
从宽幅度：认罪认罚的从宽幅度并非固定，而是根据犯罪的性质、情节、后果以及犯罪嫌疑人、被告人的认罪态度、悔罪表现等因素综合确定。在您的案例中，主动上交五千条烟，表明了认罪悔罪的态度，这通常会被视为从宽处理的一个积极因素。
程序简化：认罪认罚还可能带来程序上的简化，如适用速裁程序或简易程序，这有助于加快案件审理进程，但并不直接决定量刑结果。
二、非法所得的处理与量刑
非法所得的处理是刑事案件中的一个重要环节，它直接关系到犯罪的社会危害性评估以及犯罪嫌疑人的悔罪表现。
主动上交非法所得：在您的案例中，主动上交五千条烟，属于主动退赃退赔的行为。根据司法实践，主动退赃退赔通常会被视为犯罪嫌疑人、被告人悔罪表现良好的一个重要标志，从而在量刑时予以考虑。
非法所得的性质与数量：然而，非法所得的性质和数量也是影响量刑的重要因素。如果五千条烟属于非法经营或走私等严重犯罪的所得，那么即使主动上交，也可能因犯罪性质严重而难以获得大幅度的从宽处理。
三、其他可能影响量刑的因素
除了认罪认罚和非法所得的处理外，还有以下因素可能影响量刑：
犯罪情节：包括犯罪的手段、方法、时间、地点等，这些因素反映了犯罪的社会危害性程度。
犯罪后果：如是否造成人员伤亡、财产损失等，这是评估犯罪严重程度的重要指标。
犯罪嫌疑人的前科情况：有前科或劣迹的犯罪嫌疑人，在量刑时可能会受到更严格的考量。
社会影响：案件的社会关注度、舆论反应等也可能对量刑产生一定影响。
四、建议与总结
全面配合司法机关：在案件处理过程中，建议您全面配合司法机关的工作，如实供述犯罪事实，主动退赃退赔，以展现良好的认罪悔罪态度。
寻求专业法律帮助：由于刑事案件的复杂性，建议您寻求专业律师的帮助，以便更准确地评估案件情况，制定合理的辩护策略。
理性看待量刑结果：量刑是一个综合考量的过程，受到多种因素的影响。即使主动上交非法所得并认罪认罚，也不能保证一定能够获得轻判。因此，建议您理性看待量刑结果，尊重司法机关的判决。
如果您有任何具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况，提供更为详细和专业的法律意见。