结论前置：
- 担保财产在一般情况下不属于破产财产，但在特定情况下可能被视为破产财产的一部分。
- 担保财产是否计算破产案件受理费，需根据其是否被纳入破产财产及具体案件情况来判断。
法律分析：
一、担保财产是否属于破产财产
一般情况：
- 根据《中华人民共和国企业破产法》第三十条，破产申请受理时属于债务人的全部财产，以及破产申请受理后至破产程序终结前债务人取得的财产，为债务人财产。但已设定担保的财产，除非担保物权人放弃优先受偿权，否则不属于破产财产。
- 担保物是为担保债务的履行而设定的，其目的在于保障债权人的债权得到优先受偿。因此，在破产程序中，担保物通常不被纳入破产财产的范围，而是直接用于清偿担保物权人的债权。
特殊情况：
- 担保物权人放弃优先受偿权：如果担保物权人明确表示放弃其优先受偿权，那么担保物将被视为破产财产的一部分，按照破产法的相关规定进行分配。
- 担保物价值超过担保债权额：当担保物的价值大于所担保的债权额时，超出部分应被纳入破产财产的范围。这部分财产将与其他无担保的破产财产一起，按照法定顺序分配给其他债权人。
- 担保物灭失、毁损或价值明显减少且无法提供替代担保：如果担保物因不可抗力或其他原因灭失、毁损或价值明显减少，且债务人或第三人无法提供替代担保，担保物权人有权要求债务人提前清偿债务或提存相应款项。若债务人无法履行，则相关权益可能通过破产程序处理，此时原担保物虽不存在，但其对应的债权关系可能影响破产财产分配。
二、担保财产是否计算破产案件受理费
- 破产案件受理费的计算依据：破产案件受理费通常根据债务人财产的总额，按照一定的比例来计算。然而，这一计算方式主要针对的是被纳入破产财产范围的财产。
- 担保财产对破产案件受理费的影响：由于担保财产在一般情况下不属于破产财产，因此其价值通常不会直接计入破产案件受理费的计算基数。但是，如果担保财产在特定情况下被视为破产财产的一部分（如上述特殊情况），则其价值可能会被纳入破产财产总额，从而影响破产案件受理费的计算。
实际应用指导：
- 在处理涉及担保财产的破产案件时，应首先确认担保关系是否合法有效，以及担保物权人是否行使或放弃优先受偿权。
- 评估担保物的实际价值，以确定是否存在超出担保债权额的部分，以及这部分财产是否应纳入破产财产范围。
- 根据具体情况判断担保财产是否应计入破产财产总额，从而确定破产案件受理费的计算基数。
总结与建议：
担保财产在破产程序中的归属及处理方式是一个复杂而细致的问题，需要综合考虑多种因素和法律规定。在实际操作中，建议根据具体情况进行灵活处理，并咨询专业律师以获取更具体的法律建议。如果您有关于破产清算、兼并收购、改制重组或债务债权等方面的法律问题，欢迎直接向我咨询。