对于五千元以下基金遗产由配偶继承是否需要公证的问题，结论前置：通常情况下，五千元以下基金遗产的继承并不强制要求公证，但具体是否需要公证还需根据基金销售机构（如银行、证券公司等）的具体要求以及遗产分配的实际情况来确定。以下从不同角度进行详细分析：
一、不需要公证的情况
小额遗产简化程序：
- 许多基金销售机构对于小额遗产（包括基金遗产）的继承，提供了简化程序。如果遗产金额较小（如五千元以下），且继承人之间无争议，基金销售机构可能允许继承人直接提供死亡证明、亲属关系证明以及本人有效身份证件等材料，经审核确认后即可办理继承手续，无需公证。
基金销售机构自行判断：
- 基金销售机构在内部审核流程中，如果能够确认继承人身份及继承的合法性，也可能允许继承人直接支取或过户遗产基金。这通常需要继承人提供必要的证明材料，如居委会或村委会出具的亲属关系证明、死亡证明等。
法律依据支持：
- 《中华人民共和国民法典》确认了遗产是自然人死亡时遗留的个人合法财产，为遗产继承提供了法律基础。同时，虽然《中华人民共和国公证法》规定了公证的适用范围，但并未强制要求所有遗产继承都必须经过公证。因此，在符合基金销售机构规定且继承人之间无争议的情况下，五千元以下基金遗产的继承可以不公证。
二、可能需要公证的情况
基金销售机构特定要求：
- 部分基金销售机构出于风险防控、合规管理等考虑，可能会要求无论金额大小，继承人都需要办理公证后才能支取或过户遗产基金。在这种情况下，继承人应遵守基金销售机构的规定，办理相应的公证手续。
存在争议或复杂情况：
- 如果继承人之间对遗产分配存在争议，或者遗产基金涉及复杂的法律关系（如共有财产、遗嘱继承等），基金销售机构为了确保操作的合法性和安全性，可能会要求提供公证文书。公证文书的出具可以明确各继承人的权利和义务，避免潜在的纠纷和风险。
三、建议与注意事项
提前咨询基金销售机构要求：
- 在办理遗产继承手续前，建议继承人先咨询基金销售机构的具体要求，了解是否需要公证以及所需提供的证明材料。这样可以避免因不了解规定而耽误继承进程。
准备必要证明材料：
- 无论是否需要公证，继承人都应准备好被继承人的死亡证明、亲属关系证明等一系列必要的证明材料。这些材料是办理继承手续的基础，也是基金销售机构审核继承人身份和继承合法性的重要依据。
协商解决争议：
- 如果继承人之间存在争议，应尽量通过协商的方式解决。协商不仅可以避免不必要的法律程序和费用支出，还可以维护继承人之间的和谐关系。如果协商无果，再考虑通过法律途径解决争议。
综上所述，五千元以下基金遗产由配偶继承是否需要公证，并没有一个绝对的答案。它取决于基金销售机构的具体要求以及遗产分配的实际情况。因此，在办理继承手续前，建议继承人先咨询基金销售机构的要求，并准备好必要的证明材料。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。