法院没收的车辆若存在抵押，其处理方式需根据抵押权是否有效设立、执行程序与抵押权实现的冲突解决规则来综合判断，核心结论如下：

1. 抵押权有效设立且未消灭的，抵押权人优先受偿
   若车辆抵押已依法办理登记（如机动车抵押登记），或虽未登记但抵押合同合法有效且抵押物已交付（如动产抵押），则抵押权自设立时生效。此时，法院在执行没收车辆时，需先以车辆变价款清偿抵押权人的债权，剩余部分再用于清偿其他债务或上缴国库。

   • 法律依据：根据《民法典》第394条，抵押权人对抵押财产享有优先受偿权；第403条明确，以动产抵押的，抵押权自抵押合同生效时设立，未经登记不得对抗善意第三人（但不影响抵押权本身效力）。
     
   • 实务操作：法院通常会在拍卖、变卖车辆前通知抵押权人申报债权，并在变价款中优先拨付其应得份额。若抵押权人未及时申报，可能视为放弃优先权，但需结合具体程序规则判断。
     

2. 抵押权因特定情形消灭的，车辆变价款全额上缴或清偿其他债务
   若抵押权因主债权消灭（如债务已清偿）、抵押物灭失且无代位物、抵押权实现后等情形消灭，或抵押权人放弃权利，则法院没收车辆后，其变价款不再受抵押权限制，可能按以下方式处理：

   • 刑事涉案财物：若车辆因犯罪被没收（如赃物），且无合法抵押权，变价款通常上缴国库；
     
   • 民事执行财产：若车辆因被执行人未履行债务被没收，且抵押权已消灭，变价款优先清偿执行费用后，按顺序清偿其他债权人债权。
     

3. 抵押权与执行程序的冲突解决规则
   若抵押权人主张权利时，车辆已被法院采取查封、扣押等措施，需遵循以下规则：

   • 抵押权优先于普通债权：即使车辆被执行，抵押权人仍可就变价款优先受偿；
     
   • 执行程序不损害抵押权：法院不得因执行行为（如拍卖）否定抵押权效力，但抵押权人需在法定期限内参与分配或提出异议；
     
   • 恶意抵押的例外：若抵押权设立于债务人已濒临破产、恶意转移财产等情形，可能被认定为无效或可撤销，此时抵押权不受保护。
     

建议：若您是抵押权人，需及时向法院申报债权并提供抵押登记证明等材料，主张优先受偿权；若您是车辆所有权人或债务人，需核实抵押权是否有效设立，避免因抵押权存在导致财产处置受限。具体案件需结合抵押合同、登记情况、执行程序等综合判断，如有疑问可进一步向我咨询。