合同中使用电子印章，在满足一定条件下，只保留电子文档是有效的。以下从多个角度为您详细分析：

一、电子印章的法律效力依据

1. 《中华人民共和国电子签名法》：该法明确规定，可靠的电子签名与手写签名或者盖章具有同等的法律效力。电子印章作为电子签名的一种形式，只要满足法律规定的可靠条件，即具有法律效力。这些条件包括：

   • 电子签名制作数据用于电子签名时，属于电子签名人专有；
   • 签署时电子签名制作数据仅由电子签名人控制；
   • 签署后对电子签名的任何改动能够被发现；
   • 签署后对数据电文内容和形式的任何改动能够被发现。

2. 《民法典》：根据《民法典》的规定，合同可以通过电子数据的方式签订，电子合同是合法的合同类型之一。以电子数据交换、电子邮件等方式能够有形地表现所载内容，并可以随时调取查用的数据电文，视为书面形式。因此，电子合同中可以使用电子印章，且电子文档形式的合同同样具有法律效力。

二、电子印章有效的情况

1. 符合法律规定及技术要求：当使用的电子印章满足《电子签名法》中可靠电子签名的条件，并且合同的签订过程遵循了相关法律法规和技术规范时，该电子印章在合同中是有效的。例如，金融机构或大型企业常采用符合法律和安全标准的电子签名系统来确保电子印章的可靠性。在这种情况下，只保留电子文档的合同是有效的。

2. 当事人约定认可：如果合同双方当事人在事先的约定或合同条款中明确认可电子印章的有效性，即使电子印章可能不完全符合法律规定的严格条件，基于当事人的意思自治原则，该电子印章在他们之间的合同中也是有效的。这同样适用于只保留电子文档的合同。

三、电子印章无效的情况及风险防范

1. 电子印章来源不合法或存在伪造、篡改等情形：若电子印章是通过非法手段获取，或被他人伪造、篡改，则此电子印章无效。为防范此类风险，合同双方在签订合同前，应对电子印章的真实性进行核实，确保对方使用的是合法有效的电子印章。

2. 不符合特定行业或领域的特殊要求：某些特定行业或领域可能对合同签署形式有特殊规定，要求必须使用传统的手写签名或盖章。在这些情况下，电子印章可能无法满足特殊要求，从而导致合同无效。因此，在使用电子印章前，应了解并遵守相关行业或领域的特殊规定。

四、使用电子印章的注意事项

1. 明确约定：合同双方应明确约定使用电子印章的方式、效力等相关条款，以避免后续可能出现的争议。

2. 选择可靠服务：为保障电子印章的安全和可靠性，应选择信誉良好、技术成熟的电子签名服务提供商。

3. 保存电子文档：虽然电子文档形式的合同在符合法律规定的情况下是有效的，但为确保合同的安全性和可追溯性，建议合同双方妥善保存电子文档，并考虑进行备份。

综上所述，合同中使用电子印章在合法合规的前提下是有效的，只保留电子文档的合同同样具有法律效力。但为确保合同的安全性和有效性，合同双方应遵守相关法律法规和行业规定，选择可靠的电子签名服务提供商，并妥善保存电子文档。如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。