军品免税后补缴税款是否合法，需根据具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：

一、军品免税的法律依据及条件

军品免税通常基于特定的税收优惠政策，这些政策旨在支持国防建设和军事工业的发展。根据相关法律法规，军品免税一般需满足以下条件：

1. 军品性质：产品必须属于军品范畴，即用于军事目的或国防建设的物资、装备等。
2. 免税证明：生产或销售军品的企业需取得相应的免税证明或批准文件，以证明其符合免税条件。
3. 合规使用：免税军品必须按照规定的用途使用，不得擅自改变用途或进行非法转让。

二、补缴税款的可能情形

在军品免税的情况下，若出现以下情形，可能需要补缴税款：

1. 免税条件不再满足：若军品生产或销售企业不再符合免税条件，如产品性质发生变化、免税证明失效等，则需按照规定补缴税款。
2. 违规使用免税军品：若免税军品被擅自改变用途或进行非法转让，导致不符合免税条件，税务机关有权要求补缴税款，并可能处以罚款。
3. 税务稽查或审计发现：在税务稽查或审计过程中，若发现企业存在偷逃税款的行为，包括利用军品免税政策进行避税，税务机关将依法追缴税款，并可能对企业进行处罚。

三、补缴税款的合法性分析

1. 合法补缴：若因上述原因导致需要补缴税款，且补缴行为符合税收法律法规的规定，则补缴税款是合法的。企业应积极配合税务机关的工作，按照要求补缴税款及滞纳金（如有）。
2. 非法补缴：若税务机关要求补缴税款的行为缺乏法律依据，或企业认为补缴税款存在争议，企业可以通过法律途径维护自己的合法权益。例如，企业可以申请行政复议或提起行政诉讼，要求撤销或变更税务机关的补缴税款决定。

四、法律建议

1. 合规经营：军品生产或销售企业应严格遵守税收法律法规的规定，确保符合免税条件，并合规使用免税军品。
2. 及时沟通：若企业面临税务机关要求补缴税款的情况，应及时与税务机关沟通，了解补缴税款的原因和依据，并积极配合税务机关的工作。
3. 法律维权：若企业认为补缴税款存在争议或税务机关的行为存在违法之处，应及时咨询专业律师，通过法律途径维护自己的合法权益。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。