职务侵占案件应由公安机关的经济犯罪侦查部门（经侦部门）负责处理。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：
一、法律依据与职能管辖
法律依据：
- 根据《公安机关办理刑事案件程序规定》第十四条，职务侵占罪属于公安机关管辖的刑事案件范围，排除了其他特定机关管辖的情形。
- 《中华人民共和国刑法》第二百七十一条对职务侵占罪进行了明确规定，即公司、企业或其他单位的工作人员，利用职务便利，将本单位财物非法占为己有，且数额较大，构成此罪。
职能管辖：
- 公安机关是刑事案件的主要侦查机关，负责职务侵占罪的立案侦查工作。
- 经济犯罪侦查部门（经侦部门）作为公安机关内部专门负责经济犯罪案件侦查的专业机构，具备处理经济犯罪所需的专业知识、技能和经验，因此负责职务侵占罪的侦查工作。
二、地域管辖与报案流程
地域管辖：
- 职务侵占罪一般由犯罪地的公安机关管辖，若犯罪嫌疑人居住地的公安机关管辖更为适宜，也可由其管辖。
- 犯罪地包括犯罪行为发生地和犯罪结果发生地，如公司办公场所、仓库（犯罪行为发生地）和被害单位所在地（犯罪结果发生地）。
报案流程：
- 发现职务侵占犯罪行为时，公司、企业或其他单位应及时向犯罪地的公安机关经侦部门报案。
- 报案时，应提供相关证据材料，如财务账目、银行交易记录、证人证言等，以便公安机关迅速开展调查取证工作。
三、侦查措施与证据收集
侦查手段：
- 在侦查阶段，公安机关经侦部门有权采取一系列侦查措施，包括询问犯罪嫌疑人、询问证人、勘验、检查、搜查、查封、扣押物证、书证以及鉴定等，以全面收集犯罪证据，查明犯罪事实。
证据收集：
- 公安机关经侦部门会通过调取公司财务账目、银行交易记录等，确定侵占金额和手段。
- 对相关人员进行询问，了解案件具体情况，如犯罪嫌疑人的作案动机、作案过程等。
四、法律责任与追回财物
法律责任：
- 若确认存在职务侵占行为，公安机关经侦部门将依法追究涉案人员的刑事责任，确保法律的严肃性和公正性。
- 根据《中华人民共和国刑法》第二百七十一条的规定，职务侵占罪的刑罚根据侵占数额和犯罪情节的不同而有所差异，包括有期徒刑、拘役和罚金等。
追回财物：
- 公安机关经侦部门在侦查过程中，会积极追回被侵占的财物，以维护单位的合法权益和社会经济秩序的稳定。
- 若财物已被转移或挥霍，公安机关会依法追缴犯罪嫌疑人的违法所得，并退赔给被害单位。
五、实际操作建议
- 及时报案：一旦发现职务侵占行为，应立即向公安机关经侦部门报案，以便迅速开展调查取证工作。
- 配合调查：在侦查过程中，应积极配合公安机关经侦部门的调查工作，提供必要的证据材料和协助。
- 咨询专业律师：在处理职务侵占案件时，如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我将根据具体情况提供专业的法律意见和建议。
综上所述，职务侵占案件应由公安机关的经济犯罪侦查部门负责处理。在处理此类案件时，应遵循法律依据和职能管辖原则，确保案件的专业、高效和公正处理。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。