民营企业人员职务侵占案件一般由公安机关的经济犯罪侦查部门（经侦）负责处理。以下是对这一问题的详细解析：

一、案件管辖与受理

1. 管辖部门：职务侵占罪作为经济犯罪，通常由犯罪地的公安机关管辖。若犯罪嫌疑人居住地的公安机关管辖更为适宜，也可由其管辖。具体而言，是由公安机关的经济犯罪侦查部门（经侦）负责立案侦查。
2. 报案与审查：民营企业一旦发现有职务侵占的线索，应立即向公安机关报案。公安机关在接到报案后，会对案件进行初步审查，认为有犯罪事实需要追究刑事责任，且属于自己管辖的，会经县级以上公安机关负责人批准，予以立案侦查。

二、侦查措施与证据收集

在侦查阶段，公安机关有权采取一系列侦查措施，包括但不限于询问犯罪嫌疑人、询问证人、勘验、检查、搜查、查封、扣押物证、书证以及鉴定等，以全面收集犯罪证据，查明犯罪事实。例如，通过调取公司财务账目、银行交易记录等，确定侵占金额和手段；对相关人员进行询问，了解案件具体情况。

三、审查起诉与法律监督

1. 审查起诉：公安机关侦查终结后，会将案件移送人民检察院审查起诉。人民检察院会对案件进行全面审查，包括事实是否清楚、证据是否确实充分、犯罪性质和罪名认定是否正确等。若认为犯罪嫌疑人犯罪事实已查清，证据确实、充分，应依法追究刑事责任的，人民检察院会向人民法院提起公诉。
2. 法律监督：人民检察院在刑事诉讼过程中还承担法律监督职责，监督公安机关侦查活动是否合法，防止刑讯逼供、非法取证等违法行为；同时监督人民法院审判活动是否公正，确保法律正确实施。

四、审判与判决

人民法院负责对职务侵占案件进行审判。在审判过程中，会组织控辩双方进行举证、质证和辩论，听取双方意见。根据查明的事实和法律规定，对被告人是否有罪、应否判处刑罚以及判处何种刑罚作出判决。例如，若被告人构成职务侵占罪，法院会根据其侵占金额、犯罪情节等因素，依照《中华人民共和国刑法》的相关规定作出相应判决。

五、实际操作建议

由于具体的立案标准和管辖可能因地区和具体情况有所不同，因此，如遇民营企业人员职务侵占问题，建议尽快向我咨询，以便更准确地了解相关法律规定和处理程序，有效维护自身合法权益。

总结来说，民营企业人员职务侵占案件的处理涉及公安机关、人民检察院和人民法院三个主要阶段，每个阶段都有其特定的职能和流程。了解这些流程和职能，有助于民营企业更好地应对职务侵占问题，维护自身权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我提问。