医疗机构使用小包装饮片是否违法，不能一概而论，需要分情况讨论：
若小包装饮片符合相关法规和标准：
- 根据《药品管理法》及相关规定，药品的生产、经营、使用必须符合国家药品标准。对于中药饮片，也有相应的炮制规范和标准。如果小包装饮片是按照这些规范和标准进行生产、包装的，并且经过了合法的审批和注册，那么医疗机构使用这样的小包装饮片就是合法的。
- 举例来说，如果某医疗机构使用的小包装饮片是由具有合法生产资质的药品生产企业生产的，且该饮片符合国家药品标准和中药饮片炮制规范，那么这种使用行为就是合法的。
若小包装饮片不符合相关法规和标准：
- 如果小包装饮片的生产、包装、标签等不符合国家药品标准或中药饮片炮制规范，或者未经合法审批和注册，那么医疗机构使用这样的小包装饮片就可能是违法的。
- 例如，如果医疗机构使用的小包装饮片存在质量问题，如掺杂、掺假、以次充好等，或者未经批准擅自改变包装形式、规格等，都可能构成违法行为。
法律建议与后果：
- 对于医疗机构而言，在使用小包装饮片时，应严格审查其生产企业的资质、产品的合法性以及质量情况，确保所使用的小包装饮片符合相关法规和标准。
- 如果医疗机构使用了不符合法规和标准的小包装饮片，可能会面临行政处罚，如罚款、没收违法所得等；如果因此造成患者损害的，还可能承担民事赔偿责任；情节严重的，甚至可能构成犯罪，承担刑事责任。
进一步思考：
- 医疗机构在选择小包装饮片时，除了考虑其合法性和质量情况外，还应考虑其临床适用性、经济性等因素，以确保患者的用药安全和合理用药。
- 如果医疗机构对小包装饮片的合法性或质量情况存在疑问，应及时向相关部门咨询或进行检验检测，以避免潜在的法律风险。
如果您有关于医疗机构使用小包装饮片的具体疑问或遇到相关法律问题，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律意见。