针对您提出的“破产程序终结未实际出资的股东如何处理”的问题，以下是我根据相关法律法规及实务操作，为您提供的详细解答：

一、确认出资不足的事实

在公司进入破产程序后，首先需由法院指定的管理人或相关机构对公司的财务状况进行详尽的审计和评估。这一步骤的目的是准确确认哪些股东存在出资不足的情况，包括未按照公司章程、股东协议或相关法律法规的要求足额缴纳其认缴的出资额。

二、补足出资义务的履行

1. 法律规定：根据《中华人民共和国公司法》的规定，股东应按期足额缴纳所认缴的出资额。在公司破产后，出资不足的股东仍然负有补足出资的义务，这是基于股东的资本充实责任。

2. 管理人追收：管理人会代表破产公司向出资不足的股东发出通知，要求其限期补足出资。管理人会通过查阅公司章程、股东名册、出资协议等文件，来确定未履行的出资数额，并明确补足出资的期限和方式。

3. 法院协助执行：若股东拒绝履行补足出资的义务，管理人可向法院提起诉讼。法院在查明事实后，会依法判决并要求股东限期补足。如股东仍不履行，法院可采取强制执行措施，如冻结银行账户、查封财产等，以确保出资得到补足。

三、调整股东权益与承担法律责任

1. 限制股东权利：

   • 分配限制：在公司破产清算后，出资不足的股东在补足出资前，其分配剩余财产的权利会受到限制。这意味着，在清偿完公司债务后，剩余财产将优先分配给已足额出资的股东。
   • 表决权限制：公司可通过章程或股东会决议，限制出资不足股东的表决权。这是为了防止出资不足的股东通过表决权影响公司决策，损害其他股东和债权人的利益。

2. 补充赔偿责任：若公司财产不足以清偿全部债务，出资不足的股东应在其未出资的本息范围内对公司债务承担补充赔偿责任。这一责任在公司财产清算分配后仍无法满足债权人债权时触发，确保债权人的合法权益得到最大程度的保护。

3. 法律责任：

   • 民事赔偿：出资不足的股东需对因其行为给公司或其他股东造成的损失承担赔偿责任。这包括因出资不足导致的公司运营困难、债务无法清偿等损失。
   • 行政处罚：对于恶意逃避出资义务的股东，相关部门可依据《公司法》进行罚款等行政处罚。这是为了维护市场秩序和公平竞争环境。
   • 刑事制裁：如股东通过虚假出资、抽逃出资等方式损害公司和债权人利益，且情节严重，可能构成犯罪，面临刑事处罚。这是为了打击严重违法行为，保护公司和债权人的合法权益。

四、影响破产清偿顺序

在破产清偿顺序中，出资不足的股东通常不会享有优先权。他们的债权（如果存在的话）可能会被置于其他债权人之后进行清偿。这是为了确保公司债权人的合法权益得到优先保护，维护破产程序的公平性和公正性。

五、特别注意事项

1. 遵守法律法规：在处理出资不足的股东时，必须严格遵守所有相关的法律法规和程序要求。这包括审计评估程序、补足出资程序、法律诉讼程序等，以避免法律纠纷和不必要的损失。

2. 公平公正：在处理过程中，需考虑到公司的整体利益和其他股东的权益。确保处理过程的公平性和公正性，避免因处理不当而引发新的矛盾和纠纷。

综上所述，对于已进入破产程序的公司中存在的出资不足的股东，应通过法律手段综合施策，包括要求其补足出资、调整股东权益、承担法律责任等。这些措施旨在确保各方的合法权益得到妥善保护，并维护破产程序的顺利进行。希望以上解答能对您有所帮助。