若同居期间双方购房协议到了法院打官司不被采纳，通常意味着法院未认可该协议的效力或未将其作为裁判依据，此时需根据具体情况采取相应措施。以下分情况详细说明：

1. 协议因形式要件缺失不被采纳

   • 若购房协议未采用书面形式（如仅为口头约定），或虽为书面但未签字/盖章，法院可能因证据不足不予认定。此时需补充证据链，例如：收集转账记录、共同还贷凭证、物业缴费单据、双方聊天记录中承认共同购房的表述等，证明实际存在共同购房行为及出资关系。
   • 若协议内容违反法律强制性规定（如约定规避限购政策、以虚假身份购房等），法院会直接认定协议无效。此时需重新梳理法律关系，例如：若实际出资人因借名购房被否认权益，可主张“借名买房”法律关系，提供实际出资、占有使用房屋等证据，要求返还购房款或确认房屋实际权属。

2. 协议因内容约定不明不被采纳

   • 若协议未明确约定房屋产权归属（如仅写“共同购买”但未写明份额）、出资比例、债务承担方式等，法院可能因约定模糊无法裁判。此时需通过协商补充协议，或依据《民法典》第308条、第309条推定权属：若能证明各自出资比例，按出资比例共有；若无法证明，则视为等额共有。
   • 若协议未约定纠纷解决方式（如未约定仲裁或诉讼），或约定管辖法院与实际争议无关联，可能导致程序性驳回。此时需重新确认管辖法院（通常为房屋所在地或被告住所地法院），或通过协商达成补充管辖约定。

3. 协议因证据效力问题不被采纳

   • 若协议系单方制作（如一方自行打印的协议未获对方确认），或存在伪造、变造痕迹，法院可能因证据真实性存疑不予采信。此时需通过鉴定程序确认协议真实性，或提供其他佐证证据（如证人证言、录音录像等）形成证据闭环。
   • 若协议虽真实但与案件核心争议无关（如协议仅约定“共同居住”未涉及产权），法院可能仅采纳与产权、出资相关的部分条款。此时需围绕核心争议（如产权归属、出资返还）重新组织证据，例如：若主张产权，需提供购房合同、产权登记证书等直接证据；若主张出资返还，需提供银行转账记录、借款凭证等。

建议行动步骤：

1. 梳理协议内容与履行情况：整理购房协议全文、出资凭证、房屋使用证据等，明确协议未被采纳的具体原因（形式瑕疵、内容模糊、证据不足等）。
2. 补充证据或调整诉求：根据法院反馈，针对性补充证据（如申请鉴定、调取银行流水）或调整诉讼请求（如从“确认产权”改为“返还出资”）。
3. 咨询专业律师协助：同居购房纠纷涉及物权法、合同法、婚姻家庭法等多领域交叉，建议携带全部材料面谈律师，制定诉讼策略（如是否提起上诉、是否另案起诉等）。

提示：同居关系不受婚姻法保护，但共同购房产生的财产权益仍受民法保护。关键在于通过证据证明“实际出资”与“共同购房合意”，即使协议未被采纳，仍可能通过其他证据主张权益。若有进一步问题，可直接向我咨询具体案件细节。