年休假工资的计算基数扣除绩效工资一般是不合理的。以下从多个角度进行分析：

一、法律规定明确年休假权益

1. 《职工带薪年休假条例》第二条明确规定，连续工作1年以上的职工享受带薪年休假，单位应当保证职工享受年休假，并在年休假期间给予与正常工作期间相同的工资收入。这直接表明，年休假期间职工的工资待遇不应受到任何削减，包括绩效工资。
2. 《企业职工带薪年休假实施办法（2008年版）》第十一条进一步细化了未休年休假工资报酬的计算方法，指出计算未休年休假工资报酬的日工资收入按照职工本人的月工资除以月计薪天数（21.75天）进行折算。前款所称月工资是指职工在用人单位支付其未休年休假工资报酬前12个月剔除加班工资后的月平均工资。同时强调，职工在年休假期间享受与正常工作期间相同的工资收入。实行计件工资、提成工资或者其他绩效工资制的职工，日工资收入的计发办法按照本条第一款、第二款的规定执行。这也同样强调了年休假期间工资收入的完整性，即不应扣除绩效工资。

二、绩效工资的发放原则

绩效工资作为职工工资的一部分，其发放应遵循公平、合理的原则，并与职工的工作表现和业绩紧密相关。然而，在年休假期间，尽管职工没有实际提供劳动，但这是法律赋予的休息权利，不能因此而否定其在正常工作期间的表现和业绩。因此，绩效工资在年休假期间仍应按时足额发放。

三、特殊情况的合法性判断

1. 特殊绩效工资核算方式：若单位的绩效工资核算方式严格依据实际工作成果或工作量，且在规章制度中有明确规定并事先告知职工，同时这种规定不违反法律法规的强制性规定，那么在极少数情况下，年休假期间可能不发放绩效工资。但这种情况需要单位有明确的制度依据，并确保制度的合法性和合理性。不过，这种情况较为少见，且需要严格符合法定条件。
2. 劳动合同约定：如果劳动合同中明确约定了绩效工资的具体标准和发放条件，且年休假期间不属于绩效工资发放的范围，那么用人单位在年休假期间扣除绩效工资可能是合法的。但前提是劳动合同中的约定必须明确、具体，且不得违反相关法律法规。然而，在大多数情况下，劳动合同并不会如此详细且明确地约定年休假期间绩效工资的扣除问题。

四、违法后果

如果用人单位无故克扣职工年休假期间的绩效工资，将违反《中华人民共和国劳动法》的相关规定。劳动行政部门有权责令用人单位支付被克扣的工资报酬、经济补偿以及赔偿金，以维护职工的合法权益。

建议

1. 职工角度：如果职工发现用人单位在年休假期间扣除了绩效工资，可以先与用人单位进行协商，要求用人单位按照法律规定支付完整的工资报酬。如果协商无果，职工可以向劳动行政部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
2. 用人单位角度：用人单位应当严格遵守相关法律法规，确保职工在年休假期间享受与正常工作期间相同的工资待遇，包括绩效工资。同时，用人单位在制定内部规章制度或劳动合同时，也应充分考虑职工的合法权益，确保制度的合法性和合理性。

综上所述，年休假工资的计算基数扣除绩效工资一般是不合理的。如有更多疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。