在检法认识分歧的案子中，若检察院认为有罪并撤回起诉，后续的处理方式主要取决于撤回起诉的具体原因和法律程序。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：
一、撤回起诉的合法性及原因
合法性基础：
- 检察院撤回起诉，通常是在案件审查起诉或审判过程中，发现证据不足、事实不清或法律适用存在问题，认为不符合起诉条件或继续起诉不利于案件公正处理时，依法作出的决定。
常见原因：
- 证据不足：检察院在审查案件时，发现关键证据缺失或证据不足以支持起诉，因此决定撤回起诉。
- 事实不清：案件事实存在争议或模糊不清，检察院认为需要进一步调查取证或补充侦查。
- 法律适用问题：检察院对法律适用存在疑问或认为原起诉的法律适用有误，决定撤回起诉以重新审视法律适用问题。
- 其他原因：如被告人死亡、被告人不在案、被告人患有严重疾病无法出庭等，也可能导致检察院撤回起诉。
二、撤回起诉后的处理方式
补充侦查或重新起诉：
- 如果检察院撤回起诉是因为证据不足或事实不清，它可能会决定补充侦查或重新收集证据。在补充侦查或收集到足够证据后，检察院可以再次提起公诉。
- 法律依据：根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，检察院在撤回起诉后，如果认为案件符合起诉条件，可以重新提起公诉。
作出不起诉决定：
- 如果检察院在撤回起诉后，认为案件不符合起诉条件或继续起诉不利于案件公正处理，它可能会作出不起诉决定。
- 不起诉的类型：包括法定不起诉（如被告人死亡、被告人不在案等）、酌定不起诉（如犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或免除刑罚的）和证据不足不起诉（如证据不足，不符合起诉条件的）。
其他处理方式：
- 撤销案件：在极少数情况下，如果检察院认为案件根本不存在犯罪事实或犯罪事实显著轻微，不需要追究刑事责任，它可能会决定撤销案件。但这种情况通常发生在案件审查起诉阶段之前，即检察院尚未提起公诉时。
- 移送其他机关处理：如果检察院发现案件不属于自己管辖范围或存在其他需要移送的情况，它可能会将案件移送其他有管辖权的机关处理。
三、对被告人的影响及后续程序
对被告人的影响：
- 检察院撤回起诉并作出不起诉决定后，被告人通常会被释放（如果已被羁押）且不再面临刑事指控。但需要注意的是，不起诉决定并不等同于无罪判决，它只是表示检察院认为案件不符合起诉条件或继续起诉不利于案件公正处理。
后续程序：
- 申诉或复议：如果被告人对检察院的不起诉决定有异议，他可以向检察院提出申诉或复议申请。但需要注意的是，申诉或复议的成功率通常较低，且需要符合一定的条件。
- 国家赔偿：如果被告人因检察院的错误起诉或错误羁押而遭受损失，他有权向检察院申请国家赔偿。但需要提供充分的证据证明自己的损失与检察院的错误行为之间存在因果关系。
总结来说，在检法认识分歧的案子中，若检察院认为有罪并撤回起诉，后续的处理方式主要取决于撤回起诉的具体原因和法律程序。检察院可能会选择补充侦查或重新起诉、作出不起诉决定或采取其他处理方式。对被告人而言，他需要关注检察院的后续决定，并根据自己的情况采取相应的法律措施。如果您或您身边的人遇到类似情况，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。