在签订居间协议时，既可以选择盖合同章，也可以选择盖公章，具体取决于公司的印章管理制度和实际使用需求。以下是对此问题的详细分析：
一、公章与合同章的法律效力
公章：
- 公章是法人权利的象征，具有最高的法律效力。它代表法人的意志，用于证明文件的真实性和合法性。在签订居间协议时，加盖公章意味着法人对协议内容的认可，并愿意承担相应的法律责任。
合同章：
- 合同章是专门用于签订合同的印章，其使用范围相对明确，主要用于各类商业合同的签订。在签订居间协议时，使用合同章同样能够使协议生效，表明公司对协议内容的确认和承担法律责任的意愿。
二、选择公章或合同章的考虑因素
公司印章管理制度：
- 不同公司可能有不同的印章管理制度。有些公司可能为了管理方便，分别刻制了公章和合同章，并规定了各自的使用范围。在这种情况下，签订居间协议时，应根据公司的印章管理制度选择合适的印章。
实际使用需求：
- 在实际操作中，如果居间协议涉及的业务类型较为特殊，或者公司对印章的使用有特定要求，那么可能需要根据实际情况选择使用公章或合同章。例如，如果居间协议涉及担保条款，可能需要加盖公章以增强法律效力；如果公司为了区分不同类型的合同，可能要求使用合同章签订居间协议。
三、实际操作中的建议
核实印章真实性：
- 在签订居间协议前，应仔细核对对方提供的印章是否与备案信息一致，防止伪造印章带来的法律风险。
明确印章类型：
- 根据公司的印章管理制度和实际使用需求，明确应使用公章还是合同章。如果不确定，可以咨询公司法务部门或相关负责人。
保留证据材料：
- 妥善保存加盖印章的居间协议原件及相关沟通记录，以便在发生纠纷时提供有效证据支持自身权益主张。
四、特殊情况下的处理
- 如果居间协议涉及多方主体（如中介方、委托方等），可能需要根据各方约定分别加盖公章或合同章以明确责任归属。
- 在某些特定行业或领域，可能存在对印章使用的特殊规定或要求。例如，建筑行业可能要求使用备案的施工合同专用章来签订居间协议。在这种情况下，应遵守行业规范及合同约定。
总结来说，签订居间协议时选择盖合同章还是公章，应根据公司印章管理制度和实际使用需求来确定。无论选择哪种印章，都应确保印章的真实性和合法性，并妥善保存相关证据材料。如果您在签订居间协议过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。