在交通事故中，若您撞了非法营运车辆且负全责，关于您全责方保险公司商业险是否会赔偿的问题，这主要取决于保险合同的具体条款以及保险公司的相关政策。以下是对此问题的详细分析：
一、交强险的赔偿情况
首先，无论车辆是否从事非法营运，交强险都会在责任限额内对受害人进行赔偿。这是根据《机动车交通事故责任强制保险条例》的规定，旨在保障交通事故受害人依法得到基本赔偿。因此，在您的情况下，交强险部分会按照规定对非法营运车辆上的受害人或财产损失进行赔偿。
二、商业险的赔偿情况
合同条款的考量：
- 商业险的赔付则更为复杂，主要取决于保险合同中的具体条款。多数保险公司会在商业险条款中明确将车辆从事非法营运导致的事故列为免责范围。这是因为非法营运改变了车辆的使用性质，显著增加了车辆的行驶风险，超出了保险公司在承保时所预估的风险范围。
保险公司的抗辩理由：
- 如果保险合同中明确规定了非法营运为免责条款，且保险公司能够证明其已经就免责条款向投保人履行了明确的提示和说明义务，那么保险公司有权依据免责条款拒绝在商业险范围内进行赔偿。
特殊情况的考虑：
- 在某些特殊情况下，如果您能证明非法营运行为与保险事故的发生没有直接因果关系，或者能证明保险公司在签订保险合同时未就相关免责条款尽到提示和明确说明义务，则有可能争取到商业险的赔偿。然而，这种情况在实践中举证较为困难。
三、建议与行动步骤
仔细审查保险合同：
- 首先，您应仔细审查您的保险合同，特别是关于免责条款的部分，以明确保险公司是否将非法营运列为免责范围。
与保险公司协商：
- 如果您对赔付有争议，可以与保险公司进行协商，提供相关证据证明事故并非全部由您的违法营运导致，或者尝试证明保险公司在签订合同时未尽到提示和说明义务。
寻求法律帮助：
- 如果协商无果，您可以考虑咨询专业律师，了解您的法律权益和可能的赔偿途径。律师可以帮助您分析保险合同条款、当地法律法规以及事故的具体情况，为您提供专业的法律意见。
遵守法律法规：
- 最后，无论结果如何，您都应严格遵守法律法规，避免未来再次从事非法营运行为，以减少潜在风险。
综上所述，在您撞了非法营运车辆且负全责的情况下，交强险部分会按照规定进行赔偿，而商业险的赔付则取决于保险合同的具体条款以及保险公司的相关政策。建议您仔细审查合同、积极协商、寻求法律帮助，并严格遵守法律法规。