核心结论：车祸住院期间感染甲流，保险公司是否赔偿需分情况讨论，主要取决于保险合同的具体条款以及感染甲流与车祸的因果关系。以下分情况详细说明：

1. 若保险合同中明确将“住院期间感染疾病”列为赔偿范围
   如果您的保险合同（如医疗险、意外险等）中明确约定了“住院期间因意外或疾病导致的医疗费用可获赔偿”，且未将“感染甲流”等特定疾病排除在外，那么您因感染甲流产生的医疗费用（如检查费、药费、住院费等）通常可以获得赔偿。此时，您需保留好医疗费用发票、诊断证明等材料，按照保险公司的理赔流程申请赔偿。

2. 若保险合同未明确约定“住院期间感染疾病”的赔偿，但感染甲流与车祸存在直接因果关系
   如果感染甲流是由于车祸导致的住院环境（如医院内交叉感染）或身体虚弱（如车祸后免疫力下降）等直接原因引起，且您能提供医学证明（如医生出具的因果关系说明），部分保险公司可能会基于“近因原则”认定感染甲流与车祸存在关联，从而给予部分赔偿。但这种情况需具体分析合同条款，且赔偿范围可能有限。

3. 若保险合同明确排除“住院期间感染疾病”的赔偿，或感染甲流与车祸无直接因果关系
   如果合同中明确将“住院期间感染疾病”列为免责条款（如“因自身疾病或感染导致的医疗费用不赔”），或您无法证明感染甲流与车祸存在直接关联（如感染发生在车祸住院多日后，且无医学证据支持因果关系），则保险公司通常不会赔偿。此时，您需自行承担感染甲流产生的医疗费用。

建议：

• 立即查阅您的保险合同，重点关注“赔偿范围”“免责条款”等关键内容；
  
• 保留好所有医疗记录（如病历、检查报告、费用清单）和因果关系证明（如医生说明）；
  
• 若对理赔结果有异议，可先与保险公司协商，协商不成可向当地保险监管部门投诉或通过法律途径解决。
  

如有其他疑问，欢迎直接向我咨询，我会结合您的具体情况进一步分析。